Les syndromes dits mineurs d'intoxication par champignons représentent pour la plupart des atteintes fonctionnelles, n'engageant qu'exceptionnellement le pronostic vital. Ce sont de loin les syndromes les plus fréquemment rencontrés. Ils sont caractérisés par un délai entre la consommation de champignons et l'apparition des premiers signes cliniques inférieur à 6 heures, le plus souvent de 2-3 heures. Les toxines n'ont été que rarement identifiées. Le syndrome digestif est le plus fréquent et correspond à une atteinte digestive plus ou moins sévère. Le syndrome muscarinien est le syndrome le plus fréquent pouvant conduire en soins intensifs du fait du retentissement cardiocirculatoire ; le recours à l'atropine est parfois nécessaire. Le syndrome panthérinien associe une phase d'excitation (hallucinations) puis de dépression du système nerveux central. Le syndrome psilocybien correspond à un syndrome psychodysleptique proche de celui induit par le LSD. Le syndrome coprinien est un syndrome antabuse reproduisant les effets de l'association disulfirame-éthanol. Le syndrome paxillien correspond à une anémie hémolytique immunoallergique d'origine alimentaire. La prise en charge des syndromes mineurs est le plus souvent symptomatique, et la guérison est la règle. Des risques moins communs liés au contact avec les champignons (infection, allergie), ou à l'inverse bien médiatisés (contamination par métaux et radioéléments) sont décrits.