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Technique d’analyse des courbes de fusion haute résolution (FHR) ou High Resolution Melting analysis (HRM) en infectiologie - 20/08/11

Applications of High Resolution Melting analysis in infectious diseases

Doi : 10.1016/j.immbio.2011.04.002 
M. Chomarat , F. Breysse
Laboratoire de microbiologie, groupement hospitalier Sud, faculté de médecine Lyon-Sud Charles-Mérieux, 69495 Pierre-Bénite cedex, France 

Auteur correspondant.

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Summary

HRM (High Resolution Melting) analysis widely used in basic research is beginning to find practical applications, as in hematology–oncology in the detection and quantification of mutations that distinguish the polyclonality from monoclonality in non-Hodgkin lymphoma or gene mutations of NMP1 or FLT3 in acute myeloid leukemia (AML) or mutations in the genes MPL or the hexon 12 of JAK2 in myeloproliferative disorders. In infectious diseases, publications are recent, and are designed to either identify yeasts, viruses or bacteria, or for epidemiological purposes to distinguish the different viral strains or bacterial strains or to differentiate vaccine and wild-type strains, or highlight mutations on resistance genes, such as resistance to rifampicin in Mycobacterium tuberculosis. This simple, quick (less than two hours) technique significantly reduces the cost but also the time needed to study the variability of genes. Not using specific probes, the cost of the analysis is still down more than the use of sequencing or Denaturing High Performance Liquid Chromatography (DHPLC) is less frequent. In this article, after briefly explaining HRM technology, various applications of this technique will be presented.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

L’analyse en High Resolution Melting (HRM), bien utilisée en recherche fondamentale, commence à trouver des applications pratiques, comme en onco-hématologie, dans la détection et la quantification de mutations, permettant de distinguer la monoclonalité de la polyclonalité dans les lymphomes non-hodgkiniens ou les mutations des gènes NMP1 ou FLT3 dans les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) ou les mutations des gènes MPL et de l’hexon 12 de JAK2 dans les syndromes myéloprolifératifs. En infectiologie, les publications datent de trois ans seulement, et ont pour but soit d’identifier les levures, virus ou bactéries, soit de différencier dans un but épidémiologique les différentes souches virales ou bactériennes ou encore les souches sauvages des souches vaccinales, soit de mettre en évidence des mutations portant sur des gènes de résistance, comme la résistance à la rifampicine chez Mycobacterium tuberculosis. Cette technique simple, rapide (moins de deux heures) réduit considérablement le coût mais aussi le temps nécessaire à l’étude de la variabilité des gènes. N’utilisant pas de sondes spécifiques, le coût de l’analyse est encore diminué d’autant plus que le recours au séquençage ou à la DHPLC (chromatographie liquide à haute pression en condition dénaturante) est moins fréquent. Dans cet article, après avoir décrit brièvement la technique HRM, nous nous attacherons à exposer ses diverses applications.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : HRM, Infectious diseases

Mots clés : Fusion haute résolution (FHR), Infectiologie


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Vol 26 - N° 4

P. 207-211 - août 2011 Retour au numéro
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