Les microsporidies et les coccidies Isospora et Sarcocystis sont des parasites unicellulaires responsables d'infections intestinales chez l'homme. Leur développement est intracellulaire. La microsporidiose et l'isosporose affectent surtout les sujets immunodéprimés. Les manifestations cliniques les plus sévères sont consécutives à la dissémination de l'infection dans l'organisme en l'absence du contrôle exercé par l'immunité cellulaire. La microsporidiose intestinale, inconnue avant le sida, fut la première cause de diarrhée dans les pays développés avant l'arrivée des traitements antirétroviraux hautement actifs. La microsporidiose et l'isosporose persistent dans les régions du globe où sévit le sida. Ce dernier a semble-t-il moins d'incidence sur la sarcocystose. Les données épidémiologiques récentes suggère l'existence d'un réservoir animal assez large pour les microsporidies responsables d'infections intestinales chez l'homme, alors que celui-ci est le seul réservoir connu pour Isospora belli, agent de l'isosporose. Enfin, un seul réservoir animal est démontré pour chacune des deux espèces dixènes responsables de la sarcocystose intestinale humaine. Différentes méthodes permettent de détecter ces parasites chez l'homme, les réservoirs animaux et dans l'environnement.