Genome sequences of multiple individuals are essential to determine the forces shaping sequence variation as well as to understand the relationship between genotype and phenotype. Because of their wide ecological, geographical and genetic diversity, yeast species represent an ideal model system for population genomics. Recently, there has been a renewed interest in characterizing the genetic diversity within yeast species such as Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus. Here, we review recent progress in the exploration of the intraspecific diversity using large collections of yeast isolates. These recent large-scale polymorphism surveys have increased our understanding of the population structures as well as the evolutionary history of the species. In addition, these resources represent a powerful framework for dissecting the relationship between genotype and phenotype.

Le séquencage systématique des génomes d’individus d’une même espèce est essentiel pour déterminer les processus évolutifs impliqués dans la variation de séquence mais également pour comprendre la relation existant entre génotypes et phénotypes. De par la diversité de leurs origines écologiques et géographiques, les levures sont des organismes modèles pour la génomique des populations. Récemment, il y a eu un regain d’intérêt pour la caractérisation de la diversité génétique intraspécifique chez les levures, comme Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces paradoxus. Dans cet article, nous faisons le point sur les études récentes ayant exploré la diversité des génomes de différentes collections de souches de levures. Ces études à grande échelle de la variation intraspécifique ont permis d’avoir une meilleure compréhension de la structure des populations mais également de l’histoire évolutive de ces espèces. De plus, les données générées représentent les fondations pour disséquer la relation existant entre génotypes et phénotypes.