En dehors des problèmes posés par le risque de rejet, les suites d'une transplantation rénale peuvent être émaillées de diverses complications non immunologiques qui peuvent entre autres mettre en jeu le pronostic fonctionnel du greffon. À la phase précoce, l'insuffisance rénale aiguë ou le retard de récupération fonctionnelle est le plus souvent en rapport avec une néphropathie ischémique liée aux conditions de la transplantation. Les complications tardives peuvent toucher de nombreux organes. La qualité de la surveillance à long terme est de ce fait un élément essentiel du pronostic après transplantation. La néphropathie chronique de l'allogreffe peut être aggravée par la toxicité rénale des immunosuppresseurs ou par des lésions de rejet chronique. La perte du contenu minéral osseux doit être prévenue ou enrayée. Les complications métaboliques et cardiovasculaires tardives sont aujourd'hui la première cause de mortalité après transplantation. Les facteurs de risque cardiovasculaire (diabète, dyslipidémie et surtout hypertension artérielle) doivent être soigneusement contrôlés. Les complications pouvant toucher les autres organes ou systèmes sont également passées en revue.