Sa motricité permet au côlon de terminer l'absorption de l'eau et des électrolytes contenus dans l'effluent iléal et de stocker les résidus de la digestion dans l'intervalle des exonérations. La motricité colique associe des variations de tonus et des contractions phasiques. Ces dernières sont essentiellement des contractions segmentaires survenant en courtes bouffées, espacées de longues périodes de repos moteur, notamment la nuit. Les phénomènes moteurs les mieux caractérisés sont cependant les contractions propagées de grande amplitude, qui surviennent essentiellement au réveil et en période postprandiale et qui propulsent le contenu colique vers l'aval. L'innervation intrinsèque (plexus myentérique et sous-muqueux) et les cellules interstitielles de Cajal jouent un rôle initiateur de cette motricité. L'activité intrinsèque est modulée par le système nerveux extrinsèque, en particulier lors de la prise alimentaire qui est le principal stimulant de la motricité colique. Le rectum et l'appareil sphinctérien anal jouent un rôle essentiel dans l'évacuation contrôlée des résidus de la digestion. La physiologie de l'appareil rectosphinctérien implique des muscles à fonctionnement automatique ou à commande volontaire. Comme dans le côlon, existe un contrôle nerveux moteur assuré par des structures intrinsèque et extrinsèque (sympathique et parasympathique). Existe également une innervation sensitive qui joue un rôle majeur dans la continence.