Relationship between electropherotypes and VP7/VP4 genotypes of group A rotaviruses detected between 2000 and 2007 in Tunisian children - 10/06/11
Association entre électrophorétypes et génotypes VP7/VP4 des souches de rotavirus du groupe A isolées entre 2000 et 2007 chez des enfants tunisiens
, A.D. Steele m
Corresponding author. Laboratory of Bacteriology–Virology, University Hospital Sahloul, 4059 Sousse, Tunisia.Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
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Abstract |
Background |
Rotaviruses are the most frequent agents associated with diarrhoea in children worldwide. Analysis of mobility of the 11 segments of genomic RNA by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) yields a pattern which is characteristic for a particular rotavirus isolate. The group A rotaviruses can be further characterized by analysis of VP7 and VP4 genes specificities, responsible for rotavirus classification into G and P genotypes, respectively. The aim of the present study was to detect a relationship between electropherotype pattern and molecular characteristics of the rotavirus strains.
Material and methods |
Were analyzed 278 rotavirus-positive specimens by PAGE and G/P-genotyped by multiplex semi-nested RT-PCR. Pearson’s correlation tests were used for statistical analysis.
Results |
Twelve different electropherotypes were visualized, eight with a long profile (186 cases) and four with a short one (87 cases). Concerning VP7 types, G2 viral strains were found to be predominant and were detected in 91 specimens (32.7%). Strains with G1, G3, G4, G8 and G9 specificities were detected in 62 (22.3%), 82 (29.5%), 13 (4.7%), two (0.7%) and seven cases (2.5%), respectively. The results of VP4 genotyping showed a predominance of P[8] genotype which comprised half of the strains identified (139 cases, 50%). VP4 P[4], P[6] and P[11] were found in 83 (29.9%), 31 (11.1%) and 11 (4.0%) specimens, respectively. A high rate of mixed strains was also found (1.8% mixed electropherotypes, 7.6% G-mixed and 5% P-mixed strains). Electropherotype pattern of rotavirus strains was significantly correlated with VP7 genotype (p=0.018) and with VP4 genotype specificities (p<0.001).
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Résumé |
But de l’étude |
Les rotavirus sont les principaux agents étiologiques responsables de diarrhées infantiles au niveau mondial. La diversité génomique des rotavirus du groupe A peut être analysée par électrophorèse sur gel de polyacrylamide (PAGE) des 11 fragments d’ARN double brin génomiques, ou mieux par détermination des spécificités géniques VP7 et VP4, permettant ainsi une classification en génotypes G et P, respectivement. Le but du présent travail était de rechercher une association entre électrophorétypes et génotypes G/P des souches de rotavirus.
Matériel et méthodes |
Ont été analysés 278 prélèvements positifs en rotavirus par PAGE puis génotypés par RT-PCR semi-nichées multiplex. L’analyse statistique a été réalisée par tests de corrélation de Pearson.
Résultats |
Douze électrophorétypes distincts ont été mis en évidence, huit avec un profil long (186 cas) et quatre avec un profil court (87 cas). Les souches de génotype VP7 G2 étaient prédominantes (91 cas, soit 32,7 %). Des souches de génotypes G1, G3, G4, G8 et G9 ont également été détectées dans 62 (22,3 %), 82 (29,5 %), 13 (4,7 %), deux (0,7 %) et sept cas (2,5 %), respectivement. Les résultats du typage VP4 ont montré une cocirculation des génotypes P[8], P[4], P[6] et P[11] respectivement retrouvés dans 139 (50 %), 83 (29,9 %), 31 (11,1 %) et 11 (4,0 %) prélèvements. Un nombre important de souches mixtes (1,8 % électrophorétypes mixtes, 7,6 % VP7-mixtes et 5 % VP4-mixtes) a également été détecté. Les profils électrophorétiques des souches de rotavirus étaient corrélés de façon significative avec les génotypes VP7 (p=0,018) et les génotypes VP4 (p<0,001) de ces souches.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : Rotavirus, Électrophorétype, Génotype VP7, Génotype VP4, PAGE
Keywords : Rotavirus, Electropherotype, VP7 genotype, VP4 genotype, PAGE
Plan
Vol 59 - N° 3
P. e43-e48 - juin 2011 Retour au numéro
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