Le diagnostic microbiologique des infections fongiques profondes est rendu difficile par la faible sensibilité des techniques d'isolement en culture des champignons à partir des tissus infectés. Nous avons évalué l'intérêt diagnostique de l'amplification génique de portions de la région contenant les gènes codant pour l'ARN ribosomal suivi du séquençage de l'ADN amplifié pour détecter et identifier les champignons à partir de biopsies tissulaires. Cette technique nous a permis d'identifier l'agent responsable d'une infection fongique profonde chez trois malades. Dans deux cas, ils s'agissaient de patients suspects de candidose hépatosplénique et pour lesquels la présence de Candida albicans a été détectée à partir de biopsies hépatiques. Le troisième cas est celui d'une patiente prise en charge pour un thymome et présentant une ostéite du manubrium à Scedosporium apiospermum.

The diagnostic of invasive fungal infection is often difficult because of the low sensitivity of fungal culture from infected tissues. Here we have assessed the ability of a panfungal PCR targeted on the DNA region encoding the RNA genes followed by sequencing of the amplification products to detect and identify fungi from tissue biopsies. This assay allowed us to identify the microorganism responsible for an invasive fungal infection in three of our patients. In two cases, hepatosplenic candidiasis was suspected and Candida albicans DNA was detected from liver biopsies. The third patient was cared for a thymome and developed a manubrium osteitis caused by Scedosporium apiospermum.