Mise au point d’une technique de PCR en temps réel pour la détection rapide des gènes qnr chez des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu - 02/12/10
, J.-D. Cavallo b, c, E. Cambau d, V. Duval a, O. Bajolet a, L. Brasme a, C. de Champs a, V. Vernet-Garnier a
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Résumé |
But de l’étude |
Le but de cette étude était de développer une méthode de PCR en temps réel permettant de détecter rapidement les gènes de résistance plasmidique aux quinolones qnr.
Méthodes |
La technique de PCR en temps réel avec SYBR Green I a été développée sur l’automate Roche LightCycler®. La détection des gènes qnr était réalisée par comparaison des courbes de fusion à celle d’un témoin positif. Cette étude a permis d’étudier 138 souches isolées de prélèvements diagnostiques ou écologiques en Champagne-Ardenne en 2004.
Résultats |
Après optimisation de la technique, la spécificité des amorces a été confirmée en testant les trois contrôles positifs seuls, puis en présence des souches à tester. Chaque PCR permettait de rechercher sur 30 souches un gène qnr en 60minutes. Parmi 138 souches, 3,6 % des souches étaient porteuses de qnrA1, 1,5 % de qnrS1 et aucune ne présentait le gène qnrB. La prévalence du déterminant de résistance qnr était de 5 % et atteignait 9,5 % pour les seules souches isolées de prélèvements diagnostiques.
Conclusion |
Cette technique de PCR est une méthode de détection rapide des gènes qnr. Cette étude rapporte une relativement forte prévalence (5 %) de qnr parmi les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE) isolées en Champagne-Ardenne en 2004.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Abstract |
Aim of the study |
To develop a fast and reliable real time PCR technique for detecting plasmid-mediated quinolone resistance genes qnrA, qnrB and qnrS.
Methods |
A real-time PCR assay using SYBR Green I and Roche LightCycler® was developed to detect qnr genes. Detection of qnr genes was based on comparison of melting temperature differences with a positive control of each qnr genes. This assay was performed to study 138 isolates collected from diagnostic and screening samples in the Champagne-Ardenne region in 2004 (France).
Results |
In optimized conditions, the three positive controls tested alone and with isolates confirmed the specificity of the PCR primers. Each PCR assay was able to test 30 strains in 60min for 1 qnr gene. Out of 138 isolates screened, 3.6 % isolates were positive for a qnrA1, 1.5 % for qnrS1 and no qnrB-like gene. Prevalence of qnr determinants was 5 % and reached 9.5 % in clinical isolates.
Conclusion |
Real-time PCR is a fast and reliable technique for screening of qnr-positive strains. This study shows a relatively high prevalence of qnr determinants (5 %) among ESBL-producing Enterobacteriaceae.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : PCR temps réel, SYBR Green, QnrA, qnrB, qnrS
Keywords : Real-time PCR, SYBR Green, QnrA, qnrB, qnrS
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Vol 58 - N° 6
P. 430-433 - décembre 2010 Retour au numéro
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