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Comparaison de deux techniques d'hybridation moléculaire dans l'identification de mycobactéries en pratique courante - 01/01/04

Doi : 10.1016/j.patbio.2004.07.018 
S. Trombert-Paolantoni , J.-D. Poveda, P. Figarella
Laboratoire Pasteur-Cerba biology, rue de l'Equerre, ZI des béthunes, 95066 Cergy-Pontoise, France 

*Auteur correspondant.

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Résumé

But de l'étude. - Évaluer deux techniques commerciales pour l'identification de mycobactéries : InnoLiPA Mycobacteria version 1 (Innogenetics) vs Genotype MTBC et Genotype Mycobacterium (HAIN) à partir de respectivement, 2123 et 2164 isolats distincts.

Matériel et méthode. - Les deux techniques reposent sur une PCR suivie d'une hybridation à des sondes ADN sur bandelette. Innogenetics cible un fragment d'ARNr 16S-23S. HAIN comprend deux kits : Genotype MTBC, pour l'identification au sein du complexe tuberculosis, est fondé sur le polymorphisme du gène gyrB. Genotype Mycobacterium cible l'ADNr 23S pour l'identification de mycobactéries atypiques et du complexe tuberculosis. InnoLiPA et HAIN identifient les mycobactéries du complexe tuberculosis et, respectivement, 8 et 12 espèces de mycobactéries atypiques. De plus, HAIN identifie les espèces au sein du complexe tuberculosis.

Résultats. - Les techniques InnoLiPA et HAIN permettent l'identification, de respectivement, 88 et 95 % des mycobactéries. L'hybridation est négative pour 11 % des isolats avec InnoLiPA et pour 4 % avec HAIN. La galerie biochimique conclut à une mycobactérie atypique dans tous les cas pour InnoLiPA et identifie des mycobactéries atypiques et un M. tuberculosis avec HAIN. Les espèces de mycobactéries non identifiées comportaient une sonde spécifique dans 5 % des cas pour InnoLiPA et 17 % pour HAIN.

Conclusion. - HAIN a permis l'identification de plus de mycobactéries que InnoLiPA ainsi que l'identification d'espèce au sein du complexe tuberculosis. Cependant, l'hybridation n'est mise en défaut que pour des mycobactéries atypiques avec InnoLiPA alors que nous retrouvons un Mycobacterium tuberculosis parmi les mycobactéries non identifiées par HAIN.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Abstract

Aim of the study. - To evaluate the performance of two commercial methods for identification of Mycobacterium species: InnoLiPA Mycobacteria first version (Innogenetics) versus Genotype MTBC and Genotype Mycobacterium (HAIN) on, respectively, 2123 and 2164 distinct isolates.

Materials and methods. - Both techniques are based on the reverse hybridization of PCR products to their complementary probes immobilized on membrane strips. The InnoLiPA assay targets the 16S-23S rRNA spacer region. The HAIN test is composed of two kits: Genotype MTBC, for identification of tuberculosis complex mycobacteria, is based on gyrB DNA sequence polymorphism. Genotype Mycobacterium kit targets the 23S rDNA for identification of mycobacteria other than tuberculosis (MOTT) and tuberculosis complex mycobacteria. Both assays identify complex tuberculosis mycobacteria and respectively, eight and 12 species of MOTT. Moreover, the Genotype MTBC allows species differentiation within the M. tuberculosis complex.

Results. - Eighty-eight percent and 95% of mycobacteria were identified by InnoLiPA and HAIN, respectively. Hybridization remained negative for 11% of isolates with InnoLiPA and 4% with HAIN. An identification of MOTT was obtained by conventional identification in all cases after the use of InnoLiPA. MOTT and one M. tuberculosis was obtained after HAIN procedure. Unidentified species were complementary to a specific probe in 5% of the cases with InnoLiPA and 17% with HAIN.

Conclusion. - HAIN identifies more mycobacteria species than does InnoLiPA and allows identification in the M. tuberculosis complex. However, failure in identification occurs only with MOTT with InnoLiPA when one M. tuberculosis was found among mycobacteria non identified with HAIN.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : Hybridation inverse, Identification conventionnelle, Mycobactéries du complexe tuberculosis, Mycobactéries atypiques

Keywords : Reverse hybridisation, Conventional identification, Complex tuberculosis mycobacteria, Mycobacteria other than tuberculosis


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Vol 52 - N° 8

P. 462-468 - octobre 2004 Retour au numéro
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