La colonisation bactérienne chronique du grêle (CBCG) est définie par la présence dans l'intestin grêle proximal d'une population bactérienne quantitativement supérieure à 10⁵ bactéries/ml et qualitativement anormale. Il existe un grand amalgame diagnostique, dans les études publiées, entre CBCG « asymptomatique », sans conséquence clinique ou biologique, et la CBCG « symptomatique » responsable d'une diarrhée chronique et/ou d'un syndrome de malabsorption. La stase intestinale, quelle qu'en soit l'origine, est le principal facteur favorisant la survenue d'une CBCG, généralement observée lors des montages chirurgicaux avec anses borgnes, en cas de sténoses ou de diverticules du grêle ou de pseudo-obstruction intestinale chronique primitive ou secondaire. L'examen de référence pour confirmer le diagnostic de CBCG reste le tubage bactériologique du grêle, examen fastidieux et coûteux, exceptionnellement réalisé actuellement au profit du test respiratoire à l'hydrogène après ingestion de glucose. Cet examen est simple, non invasif et peu coûteux, de sensibilité et de spécificité variant respectivement entre 60-90 % et 70-90 %. L'association d'une CBCG au syndrome de l'intestin irritable fait actuellement débat et si l'association est possible, la causalité n'est pas encore démontrée. Le diagnostic de CBCG fait uniquement sur le test respiratoire montre ici ses limites. L'élimination de la cause de CBCG étant rarement possible, le traitement repose sur l'administration d'antibiotiques à large spectre (aminopénicillines, céphalosporines et cyclines) et le support nutritionnel. Il semble cependant que les antibiotiques dirigés sélectivement contre les bactéries aérobies soient également efficaces et sûrement mieux tolérés.