La spécificité de la kinésithérapie des scléroses en plaques (SEP) est liée au « syndrome de fatigue invalidant » que présentent la plupart des patients. Aussi, une séance trop intense est rapidement néfaste. La rééducation active est bridée par cette fatigue et doit donc être axée sur un nombre limité d'exercices fonctionnels bien choisis, alternant avec des périodes de repos. Pour obtenir une progression, la préparation et les conditions de pratique doivent être adaptées à chaque cas particulier. En cas de spasticité en extension, le renforcement des fléchisseurs peut améliorer la qualité de la marche. Lorsque le handicap est plus marqué, pour optimiser les transferts lit-fauteuil, il faut au contraire renforcer les extenseurs. Le rééducateur recherche ce qui facilite la motricité de son patient et ce qui inhibe ses performances. Cette véritable enquête est d'autant plus nécessaire que l'état du patient varie en fonction de l'évolution de la maladie, de l'heure de la journée, de l'efficacité ou non de la cryothérapie et de multiples facteurs qu'il convient de découvrir. Le kinésithérapeute procède donc non seulement par déduction logique, mais aussi par essais-erreurs. Une progression chiffrée d'exercices fonctionnels permet de valider les choix effectués, d'améliorer l'autonomie du patient, sa motivation, sa qualité de vie, de lui donner une connaissance de ses résultats, et de diminuer le déconditionnement à l'effort. Cette rééducation active n'est efficace qu'en dehors des poussées évolutives. Les soins passifs en position couchée sont bien tolérés à toutes les phases de l'affection (lutte contre les troubles orthopédiques, respiratoires, la spasticité, les douleurs, etc.). Enfin, à tous les stades, le rôle psychologique du kinésithérapeute est capital pour apporter motivation, aide, compréhension, présence et bonne humeur.