De nombreux travaux ont montré l'influence bénéfique de certaines souches de bactéries lactiques sur la flore intestinale entraînant ainsi une amélioration de la santé de l'hôte. En réalité, il faut distinguer les effets attribuables à l'introduction dans le tube digestif de micro-organismes vivants, (propriétés probiotiques) de l'utilisation orale de substrats non vivants, (propriétés prébiotiques).

Le terme probiotique fut proposé par Fuller, bien après les premiers essais cliniques. Les probiotiques peuvent se définir comme les suppléments alimentaires contenant des bactéries vivantes qui peuvent être bénéfiques pour l'hôte en améliorant l'équilibre de sa flore colique [2]. Cette définition inclut les laits fermentés traditionnels, notamment les yaourts, associant en général deux souches de bactéries, lactobacilles et streptocoques.

La flore peut être aussi modifiée par les prébiotiques. Le terme de prébiotiques, introduit plus récemment par Gibson et Roberfroid désigne des additifs, ou des ingrédients alimentaires non digestibles qui affectent de façon bénéfique l'hôte en stimulant sélectivement la croissance ou l'activité de certaines bactéries du colon, comme par exemple les bifidobactéries, et qui peuvent ainsi améliorer la santé de l'hôte. Des substances comme l'oignon ou la chicorées sont des prébiotiques, mais il peut également s'agir de composants du lait maternel ou de produits de fermentation de certaines souches de bactéries lactiques comme par exemple les oligosaccharides.