La rhumatologie regroupe un grand nombre d’entités différentes au sein desquelles les pathologies dys/auto-immunes occupent une place prépondérante. Cette revue s’est focalisée sur les notions de maladie génétique complexe illustrée par trois rhumatismes inflammatoires chroniques distincts : la polyarthrite rhumatoïde, le lupus érythémateux systémique et la sclérodermie systémique. Les résultats des études génétiques illustrent l’existence d’un fond génétique partagé par de nombreuses pathologies auto-immunes. Il est intéressant de noter que, bien que ces facteurs génétiques soient partagés par des pathologies au phénotypes différents, les variants à risques peuvent avoir une influence très importante sur le phénotype d’une maladie donnée. Attendre de la génétique une complète explication du déterminisme d’une pathologie est illusoire dans le cadre des maladies complexes. De part leur modélisation, il est essentiel d’intégrer dans les futures études génétiques des données sur l’exposition à d’éventuels facteurs environnementaux. La prochaine étape de la génétique des maladies complexes sera l’exploration des interactions gène–gène et gène–environnement, mais aussi l’épigénétique définie par les modifications transmissibles et réversibles de l’expression des gènes ne s’accompagnant pas de changements des séquences d’ADN. Si la dernière décennie a été le témoin d’un nombre impressionnant de découvertes sur le déterminisme de ces maladies, il y a fort à parier que la prochaine nous offrira une vision encore plus précise de la physiopathogénie des maladies dys/auto-immunes.