Les méthodes d'épidémilogie moléculaire ont beaucoup évoluè ces dernières années. Elles fournissent une empreinte génétique des bactéries soit de leur chromosome, soit de leur contenu en ADN plasmidique. Leur mise en œuvre nécessite une bonne maîtrise des techniques de biologie moléculaire.

Elles font parfois appel à des méthodes récentes comme l'électroporèse en champ pulsé ou la PCR, également parfois à des techniques très minutieuses comme les techniques d'hybridation, et utilisent dans certains cas des produits dangereux comme des isotopes radioactifs, des solvants comme le phénol et des agents intercalants comme le bromure d'éthidium. C'est, entre autre, une des raisons pour lesquelles l'utilisation de ces méthodes doit être faite à bon escient. L'utilisation d'étalon interlaboratoire à chaque manipulation et de logiciels informatiques permettra bientôt une lecture et une interprétation objective et fiable des profils obtenus.

In recent years, molecular methods experienced important progresses for epidemiological analysis. They give chromosomal or plasmid fingerprinting of the bacteria. Using these methods, need a good experience of the molecular biology.

Some are recent like pulsed-field gel electrophoresis or PCR, or are meticulous like hybridization techniques. Furthermore, some techniques use dangerous products like radioactive elements, phenol and ethidium bromide. Therefore, those methods should not used routinely, and soon, we will need well characterized organisms as controls and well defined software to allow objective and correct interpretation of the obtained fingerprints.