Cytogenetics is the part of genetics that deals with chromosomes, particularly with numerical and structural chromosome abnormalities, and their implications in congenital or acquired genetic disorders. Standard karyotyping, successfully used for the last 50 years in investigating the chromosome etiology in patients with infertility, fetal abnormalities and congenital disorders, is constrained by the limits of microscopic resolution and is not suited for the detection of subtle chromosome abnormalities. The ability to detect submicroscopic chromosomal rearrangements that lead to copy-number changes has escalated progressively in recent years with the advent of molecular cytogenetic techniques. Here, we review various gene dosage methods such as FISH, PCR-based approaches (MLPA, QF-PCR, QMPSF and real time PCR), CGH and array-CGH, that can be used for the identification and delineation of copy-number changes for diagnostic purposes. Besides comparing their relative strength and weakness, we will discuss the impact that these detection methods have on our understanding of copy number variations in the human genome and their implications in genetic counseling.

La cytogénétique est la branche de la génétique qui a pour objet l’étude des chromosomes et vise à identifier des anomalies chromosomiques, de nombre ou de structure, impliquées dans des pathologies acquises ou congénitales. Depuis 50 ans, l’étude du caryotype standard connaît un vif succès notamment en cas d’infertilité, de handicap congénital ou de malformations fœtales. Mais l’observation microscopique des chromosomes offre une faible résolution de détection des anomalies, ce qui rend le caryotype standard inadapté à la mise en évidence de remaniements chromosomiques de petite taille. La possibilité de détecter des microremaniements à l’origine d’un déséquilibre génomique est récemment apparue avec l’avènement des techniques moléculaires de la cytogénétique. Dans cette revue sont présentées les diverses approches de quantification génique pouvant être appliquées en diagnostic pour l’identification et la caractérisation d’un déséquilibre génomique, telles que la FISH, les techniques reposant sur une PCR (MLPA, QF-PCR, QMPSF, PCR en temps réel), et la CGH sur métaphases ou sur puces à ADN. En plus de souligner leurs avantages et inconvénients respectifs, nous discutons de l’impact que ces méthodes ont sur notre compréhension des variations du nombre de copies de séquences génomiques dans le génome humain et des implications lors du conseil génétique.