La détection, la quantification et l'analyse génétique des génomes viraux ont été progressivement introduites dans la pratique quotidienne de la virologie médicale. Dans le cas des infections à herpèsvirus humains 6 et 7 (HHV-6, HHV-7), la détection de l'ADN viral a permis d'impliquer ces infections dans des maladies au-delà de ce qui avait été mis en évidence par les méthodes conventionnelles (culture, sérologie) notamment chez les sujets immunodéprimés. La quantification, en particulier grâce à l'apport récent de la PCR en temps réel, est susceptible d'établir la distinction entre latence et réactivation virales, de prédire la survenue d'évènements cliniques, de suivre les effets d'une thérapeutique spécifique. L'analyse génétique a conduit à l'identification de variants et contribué à caractériser les mutations associées à la résistance aux antiviraux. Comme le montre l'étude des herpèsvirus, ces techniques moléculaires ont aussi des limites qu'il faut connaître mais constituent indiscutablement un progrès décisif en virologie clinique.

The detection, quantification and genetic analysis of viral genomes have become a common practice in clinical virology. This is exemplified by the study of human herpesviruses 6 and 7. The detection of viral DNA has led to implicate theses viruses in human diseases far beyond the evidence obtained by conventional approaches such as virus culture and serology. This is specially the case for immunocompromised subjects. The quantitation of DNA, in particular by means of real-time PCR, is now susceptible to differenciate reactivation from latency, predict the occurrence of clinical events, and monitor the efficacy of antiviral therapy. Genetic analyses have permitted the characterization of variant-specific polymorphisms and mutations responsible for resistance to antivirals. Despite some limitations that users have to be aware of, the study of viral genomes is an outstanding progress in medical virology.