Selon les mécanismes de pathogénicité impliqués, sept classes de pathovars (ou pathotypes) sont individualisés pour les souches responsables de diarrhée chez l’homme : les Escherichia coli entéropathogènes (EPEC), EPEC atypiques (ATEC), entéroinvasifs (EIEC), entérotoxinogènes (ETEC), entéroagrégatifs (EAgEC), à adhérence diffuse (DAEC), locus d’effacement entérocytaire (LEE) positif et LEE négatif producteurs de toxine Shiga (STEC). La mise en place et la conduite du diagnostic doivent prendre en compte les connaissances épidémiologiques sur les différents pathovars, le choix des facteurs de virulence ou des caractères phénotypiques comme supports de l’identification, et les méthodes actuellement disponibles en fonction du contexte du diagnostic (coproculture standard, analyses complémentaires, urgence). L’amplification génique (PCR) est une technique performante pour la détection des facteurs de virulence qui sont le support de l’identification des différents pathovars.

Currently, diarrheagenic E. coli bacteria can be grouped into seven major categories: enteropathogenic E. coli (EPEC), atypical EPEC (ATEC), locus of enterocyte effacement (LEE)-positive and LEE-negative Shiga toxin (Stx)-producing E. coli (STEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteroinvasive E. coli (EIEC), and enteroaggregative E. coli (EAgEC). The diagnosis of enteric E. coli by coproculure should be made according to epidemiological data and a combination of microbiological, biochemical, serological and genetic approaches. The polymerase chain reaction (PCR) is a powerful technique for detection of the virulence factors and consequently to identify the E. coli pathovars.