En ophtalmologie, la prescription de médicaments nécessite la connaissance des grands principes de pharmacologie oculaire. En effet, si les barrières oculaires assurent le maintien d'une composition constante des milieux intraoculaires, en corollaire, elles s'opposent à la pénétration des médicaments. Pour déjouer ces obstacles, le praticien dispose notamment de différentes voies d'administration parmi lesquelles il choisit en fonction du site d'action désiré, de l'état oculaire et des propriétés pharmacologiques de la substance administrée. Le thérapeute ophtalmologue est amené à utiliser de nombreux médicaments disponibles dans toutes les grandes classes thérapeutiques (antibiotiques, anti-inflammatoires, médicaments du système nerveux autonome essentiellement). Pour chacun d'entre eux, il doit connaître les règles et les limites de leur utilisation en ophtalmologie.