Association of calpain-10 polymorphisms with type 2 diabetes in the Tunisian population - 19/06/08

Doi : 10.1016/j.diabet.2008.01.007

C. Kifagi ^a,^{^{1
The first two authors contributed equally to the elaboration of this work.}}, K. Makni ^a,^{^{1
The first two authors contributed equally to the elaboration of this work.}}, F. Mnif ^b, M. Boudawara ^c, N. Hamza ^c, N. Rekik ^b, M. Abid ^b, A. Rebaï ^d, C. Granier ^e, F. Jarraya ^a,^f, H. Ayadi ^a,^⁎
^a “Targets for Diagnosis and Therapeutic in the Human Pathology” Research Unit, Center of Biotechnology of Sfax and Laboratoire International Associé N^o135, Sfax, Tunisia
^b Endocrinology Department, Hédi Chaker Hospital, Sfax, Tunisia
^c Laboratory of Analyses, Social National case of Sfax, Sfax, Tunisia
^d Bioinformatics Research Unit, Center of Biotechnology of Sfax, Sfax, Tunisia
^e CNRS FRE3009 SysDiag and Laboratoire International Associé N^o135, Montpellier, France
^f Department of Nephrology, Hédi Chaker Hospital, Sfax, Tunisia

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Abstract

Background

Genome-wide analyses of the genetic predisposition to type 2 diabetes mellitus (T2DM) in different isolates and populations have identified regions of interest called non insulin-dependent diabetes mellitus (NIDDM) 1, 2, 3 and 4. At the NIDDM1 locus (2q37.3), calpain-10 (CAPN10) encodes for a ubiquitously expressed protease implicated in the two fundamental pathophysiological aspects of T2DM. This is a report of the results of a study of the association of four CAPN10 polymorphisms with T2DM in the Tunisian population.

Participants and methods

A total of 222 T2DM patients with a diabetes duration of 10 years or more and 206 healthy controls were enrolled to analyze the frequency distribution of four CAPN10 polymorphisms (UCSNP-43, UCSNP-19, UCSNP-110 and UCSNP-63) using polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR–RFLP) in the Tunisian population. We also investigated the association of T2DM with different haplotypes and haplotype combinations.

Results

Only the A allele of UCSNP-43 showed an association with T2DM (odds ratio, OR=1.86). We also identified a novel combination of haplotypes (121/221) defined by three polymorphisms (UCNSP-43, -19 and -63) that is associated with an increased risk of T2DM (OR=2.38).

Conclusion

In this study involving the Tunisian population, we identified genetic variants within CAPN10 that are linked with T2DM and a novel haplotype combination, 121/221, associated with an increased susceptibility to T2DM.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

But

Le criblage du génome réalisé à partir de différents isolats et populations a permis l’identification de plusieurs loci liés au diabète de type 2 (DT2) dénommés non insulin-dependent diabetes mellitus (NIDDM) 1, 2, 3 et 4. Dans le locus NIDDM1, se trouve la calpaïne-10 (CAPN10) qui est une protéase ubiquitaire, impliquée dans la physiopathologie du DT2.

Nous rapportons les résultats de notre étude d’association de quatre polymorphismes du gène CAPN10 avec le DT2 dans la population tunisienne.

Participants et méthodes

Nous avons étudié 222 patients atteints de DT2 avec une durée de diabète supérieure ou égale à dix ans et 206 individus non diabétiques de la population générale. Nous avons analysé la distribution des fréquences alléliques et génotypiques de quatre polymorphismes du gène CAPN10 (UCSNP-43, UCSNP-19, UCSNP-110 et UCSNP-63). Nous avons aussi cherché une éventuelle association d’haplotypes et de combinaisons d’haplotypes et le DT2.

Résultats

Nos résultats ont montré que c’est l’allèle A du polymorphisme UCSNP-43 qui a été associé avec le DT2 (odds ratio, OR=1,86). Nous avons aussi identifié une nouvelle combinaison d’haplotypes (121/221) associée au DT2 (OR=2,38) définie par les trois polymorphismes UCNSP-43, -19 et -63.