La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une zoonose due à un arbovirus du genre Phlebovirus, transmissible entre les humains et les ruminants (zébus, vaches, chèvres et moutons à Mayotte) par de nombreux vecteurs et par contact avec des animaux malades. Les signes cliniques classiquement décrits chez les ruminants sont des vagues d'avortements, une forte mortinatalité et des symptômes peu spécifiques chez les adultes : fièvre, baisse de production laitière, écoulements nasaux et oculaires, diarrhée, jaunisse.

À Mayotte, la principale mission du vétérinaire pour animaux de rente est la prophylaxie collective, financée par l’État. Elle consiste en une campagne de vaccination annuelle contre le charbon symptomatique (Clostridium chauvoei) et des prises de sang pour suivre le statut sérologique du cheptel concernant la FVR et la brucellose. Les soins sont intégralement à la charge des éleveurs, ce qui entraine un important renoncement aux soins. Les principaux motifs de consultation sont les « syndromes grippaux » dont l’étiologie est mal connue faute d'examens complémentaires adaptés, les maladies dermatologiques, les troubles de la reproduction et la traumatologie.

Le Groupement de Défense Sanitaire 976 Mayotte (GDS) est l'association d’éleveurs reconnue par l'administration comme Organisme à Vocation Sanitaire (OVS) pour le département de Mayotte. À ce titre, le GDS participe à l’élaboration des politiques publiques en santé animale et peut se voir déléguer des missions. Il surveille la séroprévalence de la FVR à Mayotte depuis 2012. Les données sont présentées par année (juillet de l'année n– juin n+1) et par classe d’âge.

En 2018, les vétérinaires de terrain n'ont ni observé de différence dans la fréquence des avortements de ruminants, ni dans la survenue des « syndromes grippaux ». En revanche, le GDS a vu la séroprévalence passer de 2, 1% [1,5 – 2,8] en 2017-2018 à 10,1 % [6,5 - 15,3] pour les prélèvements réalisés entre juillet et septembre 2018.

En décembre 2018, après la confirmation d'un cas humain à Mayotte, les acteurs de la santé humaine et de la santé animale se sont réunis. Ils ont instauré une communication commune vers le grand public avec le suivi des cas et des messages de prévention. Pour détecter des cas chez les animaux, la surveillance des avortements de ruminants a été renforcée avec la recherche du génome du virus par PCR sur les femelles ayant avorté. Les analyses ont d'abord été réalisées au centre hospitalier de Mayotte pour plus de réactivité. Il s'est rapidement avéré que le « syndrome grippal » était aussi un bon critère de suspicion de FVR pendant l’épidémie. Ce suivi commun de l’épidémie a permis la publication de modèles épidémiologiques de la FVR à Mayotte quasiment en temps réel.

La séroprévalence de la FVR chez les ruminants a atteint son maximum en 2019-2020 (54 % [48 - 61]). Les dernières données disponibles concernent la période 2022-2023 avec une séroprévalence de 33 % [26 - 40]. La baisse de la séroprévalence est attribuée au renouvellement du cheptel en l'absence de réémergence du virus, ce qui est confirmé par l’étude de la séroprévalence par classe d’âge.