La dengue constitue un enjeu majeur de santé publique à La Réunion. L'île a connu des épidémies récurrentes des sérotypes 1 et 2 du virus de la dengue (DENV) ces dernières années, entraînant plus de 70 000 cas confirmés depuis 2017. Le laboratoire du CHU de La Réunion assure la surveillance génomique du DENV à La Réunion en tant que laboratoire associé au Centre National de Référence pour les arbovirus.

Dans cette étude, nous avons utilisé la technologie de séquençage à haut débit d'Oxford Nanopore pour séquencer des échantillons cliniques et des isolats collectés entre 2012 et 2022 à travers toute l'île, afin d'explorer l'épidémiologie moléculaire et l'évolution des virus de la dengue à La Réunion. Nous avons généré et analysé plus de 800 séquences de génomes de DENV. En outre, nous avons également séquencé des échantillons cliniques provenant de Mayotte.

Nos résultats montrent une diversité génétique significative parmi les variants du virus de la dengue ayant circulé sur l'île au cours de la dernière décennie. Cette diversité indique la présence simultanée de multiples lignées et variants, résultant probablement d'introductions régulières de nouvelles souches. En comparant nos séquences avec celles des bases de données publiques, nous avons pu réaliser des analyses phylogénétiques, permettant d’étudier les dynamiques probables de transmission des virus. Nos analyses suggèrent que les séquences détectées à La Réunion pourraient provenir d'autres îles de l'océan Indien, telles que les Seychelles et Mayotte, ainsi que de régions d'Asie (Chine, Inde) et d'Afrique où le virus de la dengue circule.

Nos résultats de génomique peuvent fournir aux autorités sanitaires locales des informations précieuses sur l'endémicité des variants de DENV circulant à La Réunion, permettant ainsi d'améliorer la gestion et la surveillance de la dengue. Ce travail souligne l'importance d'une forte coordination et collaboration entre La Réunion, les îles et pays voisins de l'océan Indien et la France hexagonale pour lutter ensemble contre cette maladie.