La Polynésie française (Pf) est un territoire ultramarin au statut de Pays d'outremer situé dans l'océan Pacifique Sud. Situées à plusieurs milliers de kilomètres de toute côte continentale, ses 118 îles réparties sur une surface grande comme l'Europe ont été relativement épargnées de nombre de maladies tropicales et rare est la faune autochtone. Le climat chaud et humide ainsi que les habitudes vestimentaires locales favorisent les infections cutanées streptococciques qu'une étude a estimé être au minimum trois fois plus fréquentes que dans l'Hexagone. Les infections staphylococciques sous la forme d'abcès et furoncles sont également fréquentes et dues à Staphylococcus aureus résistant à la méticilline dans près de 30 % des cas mais fréquemment sensible aux autres antibiotiques antistaphylococciques. Dans plus de 90 % des cas, ces germes produisent la leucocidine de Panton-Valentine, expliquant la fréquence des bactériémies et infections à distance. Parmi celles-ci, les endocardites infectieuses, trois fois plus fréquentes que dans l'Hexagone, sont associées à une mortalité non négligeable liée en partie à l'absence de chirurgie cardiaque sur le territoire. La leptospirose est également une infection fréquente comme l'a montré une enquête épidémiologique et doit être facilement évoquée en cas de syndrome fébrile sans franc point d'appel. La tuberculose concerne essentiellement Tahiti et notamment Papeete, sa capitale, avec une incidence stable depuis 20 ans alors que la tuberculose multirésistante est relativement récente. Même si son incidence est faible, la lèpre reste encore présente en Polynésie avec moins d'une dizaine de nouveaux cas chaque année. L'hépatite virale B (VHB) est un réel problème de santé publique qui a nécessité en 1992 la mise en place d'une stratégie de vaccination systématique à la naissance, permettant une nette diminution de son incidence notamment chez les plus jeunes. Le carcinome hépatocellulaire lié au VHB reste encore malheureusement un lourd fardeau chez les patients non vaccinés. Le VIH, comme les autres infections sexuellement transmises, voit son incidence augmenter et est souvent découvert au stade SIDA. La transmission est uniquement sexuelle ; aucune contamination sanguine n'a été mise en évidence de même qu'aucun cas d'hépatite virale C autochtone n'a été décrit.

L'absence locale de moustiques Anopheles explique l'absence de circulation du paludisme mais la présence d'Aedes est responsable d’épidémies d'arboviroses telle que la dengue dont le sérotype 2 circule actuellement. Ces moustiques ont également permis la circulation des virus Zika et chikungunya respectivement en 2013 et 2014, épidémies marquées notamment pour le Zika par une augmentation importante des cas de syndromes de Guillain-Barré. La filariose lymphatique à Wuchereria bancrofti, également transmise par les moustiques, sévit toujours même si son incidence a nettement diminué depuis l'utilisation du traitement de masse recommandé par l'Organisation Mondiale de la Santé. La Pf s'investit par ailleurs dans la lutte antivectorielle par le développement de nouvelles techniques comme celle de lâchers de moustiques stériles. Comme dans l'ensemble des territoires français ultramarins, l'angiostrongylose à Angiostrongylus cantonensis est présente en Pf où son incidence est la plus importante et amenée à augmenter du fait de la mise en place récente d'une PCR diagnostique.