La diarrhée est définie par l’émission d'au moins trois selles molles ou liquides par jour, ou des selles plus fréquentes que d'habitude pour l'individu concerné. Dans le monde, elle est la deuxième cause de mortalité chez les enfants de moins de cinq ans, avec 1,5 million de décès par an. Dans l'Hexagone, selon une étude de Santé publique France réalisée entre mai 2009 et avril 2010, les gastro-entérites aiguës (GEA) sont fréquentes: plus de 21 millions de cas de GEA surviennent chaque hiver ; entre 1,4 et 4,1 millions de consultations en médecine générale sont liées chaque année aux GEA ; 44 % des visites aux urgences pour GEA concernent des enfants de moins de cinq ans ; les norovirus prédominent chez les adultes, tandis que les rotavirus sont plus fréquents chez les enfants.

À Mayotte, qui connaît comme tout le territoire des épidémies saisonnière de GEA, les statistiques de Santé publique France de 2018 à 2023 montrent des variations de l'incidence et de la gestion des cas, indiquant une augmentation notable des cas en 2023.

Il y a un manque d’études approfondies sur les causes des GEA. Les méthodes traditionnelles de diagnostic incluent la coproculture, la macroscopie, et la détection d'antigènes, souvent limitées à l'identification d'un ou quelques pathogènes.

L'avènement de la PCR moléculaire multicibles offre une détection précise et rapide des agents pathogènes, améliorant à la fois la spécificité et la sensibilité. Elle permet non seulement de détecter les agents pathogènes habituels mais aussi de nouveaux agents, réduisant les délais de rendu des examens. L'utilisation des diagnostics par PCR soulève des questions sur la justification du traitement anti-infectieux. Il est crucial de déterminer si le germe identifié est responsable de la pathogénie et de considérer d’éventuelles co-infections. Peu d’études soutiennent un rapport coût-efficacité favorable. Le Centre Hospitalier de Mayotte (CHM) a observé une augmentation notable des prescriptions d'antibiotiques, en particulier l'azithromycine.

Le cycle-seuil (CT) est un élément déterminant, avec un seuil à 30 comme critère discriminant, pour indiquer un traitement anti-infectieux. La nature du germe identifié, notamment entre Salmonella typhi et non typhi, Giardia, Campylobacter, Escherichia coli (ECEH, ECET-O157), et Shigella, influence la stratégie de traitement.

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