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Transcriptomique spatiale : de la morphologie aux mécanismes moléculaires - 14/12/24

Space transcriptomics : of morphology molecular mechanisms

Doi : 10.1016/S1773-035X(24)00396-4 
Pierre Isnard a, b, c, , Thierry Jo Molina a
a Service d’anatomie et cytologie pathologiques, hôpitaux universitaires Necker-Enfants malades et Robert Debré, APHP, université Paris Cité, 149 rue de Sèvres, 75015 Paris, France 
b Université Paris Cité, INSERM U1151, CNRS UMR8253, Institut Necker-Enfants malades (INEM), 160 rue de Vaugirard, 75015 Paris, France 
c Division of nephrology, department of medicine, Washington University in St. Louis, St. Louis, MO, USA 

*Auteur correspondant.

Résumé

Résumé

Les technologies "spatial-omics” sont à l’origine d’une véritable révolution dans les sciences de la vie car elles permettent de mesurer un ensemble non restreint de biomolécules dans leur contexte spatial d’origine. Parmi elles, les technologies de transcriptomique spatiale (ST pour spatial transcriptomics) offrent la possibilité de cartographier l’expression génique et d’améliorer la compréhension de la biologie des tissus. Dans cette revue, nous décrivons les principales technologies de ST actuellement disponibles, l’analyse informatique pour l’interprétation et la visualisation des données, et enfin discutons leurs applications, leurs limites et leurs perspectives potentielles.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Abstract

Abstract

Spatial-omics technologies are at the root of a veritable revolution in the life sciences, enabling the measurement of an unrestricted range of biomolecules in their original spatial context. Among them, spatial transcriptomics (ST) technologies offer the potential to map gene expression and improve understanding of tissue biology. In this review, we describe the main ST technologies currently available, the computational analysis for data interpretation and visualization, and finally discuss their applications, limitations and potential prospects.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : analyse spatiale, ARN, expression génétique, hybridation in situ, NGS, transcriptomique spatiale

Keywords : gene expression, in situ hybridization, NGS, RNA, spatial analysis, spatial transcriptomics


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Vol 2024 - N° 567

P. 43-51 - décembre 2024 Retour au numéro
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