Les virus du genre Orthobunyavirus (Famille Peribunyaviridae) sont des arbovirus enveloppés, à ARN de polarité négative composés de trois segments (S, M et L). Des études menées à l'Institut Pasteur de la Guyane (IPG) dans les années 1970-80 ont mis en évidence la circulation de ces virus sur le territoire. Malgré cela, l’épidémiologie des infections liées à ces arbovirus reste mal documentée. C'est dans ce contexte que de nouveaux outils de diagnostic moléculaire ont été développés par le CNR des arbovirus à l'IPG

Dans le cadre de la surveillance sentinelle des arbovirus, des sérums de patients présentant une symptomatologie dengue-like, évoluant depuis moins de 5 jours et pour lequel le diagnostic de dengue a été écarté, sont sélectionnés. Une RT-qPCR multiplex visant la détection combinée d’Orthobunyavirus appartenant au groupe Guama et à deux complexes antigéniques du sérogroupe C a été développée par le CNR. Les techniques de séquençage Sanger et NGS (Oxford Nanopore Technologies) ont été utilisées associant des approches spécifiques ou non spécifiques.

Depuis la mise en place de la RT-qPCR multiplex OBV en novembre 2022, 944 échantillons ont été testés dans le cadre de la surveillance sentinelle des arbovirus. Douze échantillons se sont avérés positifs, 10 pour un même complexe antigénique et 2 pour le second. Les informations cliniques associées à ces cas régulièrement détectés entre septembre 2022 et novembre 2023, témoignent d'infections sans lien épidémiologique entre elles et largement réparties sur le département. Toutefois, une notion d'exposition nocturne ou en soirée, en zone forestière ou périurbaine, a été retrouvée dans tous les cas renseignés (11/12). Le séquençage réalisé sur des échantillons primaires ou après isolement viral, montre une diversité génétique importante.

Les premiers Résultats de cette surveillance mettent en évidence une circulation endémique d’Orthobunyavirus du sérogroupe C en Guyane. L'observation d'une diversité de combinaison des segments S, M et L est en faveur d'une co-circulation de plusieurs Orthobunyavirus parmi lesquels des virus mosaïques, produits de réassortiments génétiques. À l'occasion de tel réassortiments, de nouvelles caractéristiques peuvent apparaitre et être à l'origine de possibles changements dans la transmission ou la pathogénicité des réassortants. Devant ce potentiel évident de menace pour la santé publique, il est urgent de poursuivre le développement d'outils de diagnostic appropriés afin d'améliorer nos connaissances encore trop limitées sur ces virus.