Le syndrome de Sjögren (SjS) est une maladie auto-immune caractérisée par une sécheresse oculaire et buccale et des symptômes systémiques tels que la fatigue et des lésions spécifiques à certains organes. Dans cette étude, les données multiomiques (transcriptome, métabolome et méthylome) du sang total de patients SjS ont été analysées individuellement et intégrées en relation avec les données transcriptomiques des cellules B afin de déterminer les voies métaboliques altérées.

Les analyses ont été réalisées à partir des données multi-omiques du consortium européen PRECISESADS à l’aide de BiomiX, un programme accessible pour l’intégration de données multi-omiques. Les transcriptomes des cellules B et des cellules du sang total ont été analysés à l’aide de DESeq et de GSEA. Les changements de pics métabolomiques dans le plasma et l’urine ont été quantifiés et annotés à l’aide de la base de données Ceu Mass Mediator. Les données méthylomiques ont été analysées à l’aide de ChAMP. Les sources communes de variation ont été identifiées à l’aide de l’analyse d’intégration MOFA.

Des altérations au niveau de la voie de l’urée, en particulier des acides aminés glutamine et arginine ont été identifiées. Parmi les facteurs MOFA capables de distinguer les patients SjS des témoins, les facteurs associés à l’IFN ont montré une contribution clé des gènes WNT et de la déplétion en NAD+, ce qui suggère un contrôle de l’IFN sur ces altérations métaboliques. Les Résultats croisés de la métabolomique et de la transcriptomique le confirment. Enfin, a été observée une augmentation des acides lysophosphatidiques et de la sphingosine 1 phosphate dans le plasma des patients et leur association avec les facteurs MOFA sur la réponse à l’IFN et l’activation cellulaire. L’expression accrue du récepteur LPAR6 dans les lymphocytes B suggère également une action spécifique directe des acides lysophosphatidiques dans les lymphocytes B SjS.

L’augmentation des acides lysophosphatidiques et l’expression spécifique du récepteur LPAR6 dans les lymphocytes B observées également dans le lupus érythémateux systémique, renforce l’idée que ces éléments peuvent jouer un rôle clé dans ces deux maladies autoimmunes. En outre, les Résultats suggèrent une association entre la voie WNT et la gravité de la maladie, ainsi qu’une élimination accrue des composés azotés par la voie métabolique de l’urée.

Ces Résultats représentent une vision holistique des changements métaboliques chez les patients SjS, étayée par le chevauchement des données omiques. Ce nouveau type d’approche offre une compréhension plus globale de la pathologie en vue de traitements plus appropriés dans le cadre du développement de la médecine de précision. La recherche qui a conduit à ces Résultats a reçu le soutien du Innovative Medicines Initiative Joint de l’Union Européenne (FP7/2007-2013) et des entreprises de l’EFPIA (#115565).