La surface oculaire est une structure exposée à de multiples agressions qui peuvent entraîner directement ou indirectement une contamination infectieuse et compromettre la fonction visuelle. Ce risque important justifie une prise en charge pluridisciplinaire, souvent dans un contexte d’urgence, unissant ophtalmologistes et microbiologistes, pour optimiser et orienter les investigations microbiologiques à réaliser sur des échantillons de faibles volumes, afin d’aboutir au meilleur traitement. Dans ce dossier, nous présentons les différentes étapes menant au diagnostic microbiologique, depuis les exigences préanalytiques, les méthodes de prélèvement, les conditions de transport, puis les étapes analytiques d’identification des pathogènes. Celles-ci sont basées sur l’examen direct au microscope associé aux techniques de culture, et d’identification par spectrométrie de masse et biologie moléculaire et enfin, l’évaluation de la sensibilité du potentiel pathogène vis-à-vis d’un panel d’anti-infectieux. Les méthodes de biologie moléculaire occupent désormais une place importante pour le diagnostic et la détection des gènes de résistance aux antibiotiques, elles améliorent le taux d’identification des micro-organismes, réduisent le temps nécessaire à l’obtention des résultats et améliorent ainsi la prise en charge thérapeutique. Néanmoins, l’examen microscopique et la culture microbiologique restent le « gold standard » dans le diagnostic de nombreuses infections oculaires.

The ocular surface is a structure exposed to multiple stresses that can directly or indirectly lead to infectious contamination and compromise visual function. This significant risk justifies multidisciplinary care, often in an emergency context, bringing together ophthalmologists and microbiologists to optimize and guide microbiological testing on small volume samples and ensure the most appropriate treatment. Herein, we present the various steps leading to microbiological diagnosis, from pre-analytical requirements, sampling methods, transport conditions, and then to the analytical steps of pathogen identification. These are based on microscopic examination associated with culture techniques, pathogen identification using mass spectrometry and molecular biology approaches and finally, antimicrobial susceptibility testing. Molecular biology methods have become important for the diagnosis and detection of antibiotic resistance genes, improving the identification rate of microorganisms, reducing the time needed to obtain results, and thus improving therapeutic management. Nevertheless, direct microbiological examination and culture remain the gold standards in the diagnosis of many ocular infections.