Le nouveau-né est caractérisé par un système immunitaire immature et une grande vulnérabilité face aux infections bactériennes et mycosiques. Cette fragilité est majeure chez le prématuré en réanimation néonatale. Plusieurs cadres nosologiques se distinguent. Les infections bactériennes précoces sont souvent transmises de la mère au nouveau-né et se manifestent avant 72 heures de vie. Elles impliquent principalement le streptocoque B et Escherichia coli et peuvent se compliquer de méningite. Par opposition aux infections précoces, les infections tardives surviennent après 72 heures de vie. Elles peuvent être communautaires, ressemblant alors aux infections précoces en ce qui concerne le tableau clinique et les bactéries impliquées. Elles peuvent également être nosocomiales, chez les nouveau-nés hospitalisés en réanimation néonatale, en particulier les grands prématurés porteurs d'un cathéter veineux central. Les staphylocoques à coagulase négative sont alors les bactéries les plus fréquemment retrouvées. Enfin, des infections fongiques impliquant principalement Candida sont également retrouvées en période néonatale et peuvent être soit superficielles, soit invasives avec dans ce cas un taux de mortalité élevé et un risque d'atteinte multisystémique. L'ensemble des infections présente un risque vital et peut exposer le nouveau-né à des complications à long terme. La prévention de ces infections est donc essentielle et repose sur l'antibioprophylaxie perpartum pour les infections précoces, sur les mesures d'hygiène et la décontamination de l'environnement pour les infections nosocomiales, et sur l'utilisation raisonnée d'antibiotiques notamment ceux à large spectre pour ce qui est des infections fongiques.