La taxonomie et la nomenclature des bactéries anaérobies à Gram négatif ont connu de grands bouleversements et continuent d'évoluer. Les principaux genres et espèces identifiés au cours de processus pathologiques sont, parmi les bacilles, les Bacteroides, essentiellement ceux appartenant au groupe B. fragilis (incluant les espèces reclassées dans les genres Parabacteroides et Phocaeicola), les Fusobacterium avec deux espèces d'isolement fréquent (F. nucleatum et F. necrophorum), les Prevotella, les Porphyromonas et, pour les cocci, les Veillonella. Ces bactéries sont le plus souvent identifiées lors d'infections mixtes ou polymicrobiennes d'origine endogène. Leur isolement, plus rare, lors d'infections monomicrobiennes a contribué à la reconnaissance de leur pouvoir pathogène. La spectrométrie de masse a révolutionné leur identification, en la rendant rapide et fiable pour la plupart des espèces, qui, comme pour les autres espèces, dépend de la richesse de la base de données de l'automate utilisé. La résistance acquise aux antibiotiques concerne la plupart des bactéries anaérobies à Gram négatif. C'est toutefois parmi les Bacteroides du groupe fragilis, et particulièrement pour les espèces autres que B. fragilis, que la résistance acquise est la plus importante actuellement, engendrant inefficacité des inhibiteurs de β-lactamases, résistance à la clindamycine, aux carbapénèmes et/ou aux imidazolés. Des souches de bactéries anaérobies à Gram négatif multirésistantes aux antibiotiques, ainsi que des souches productrices de carbapénèmases, sont décrites.