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Identification of a circular RNA isoform of WASHC2A as a prognostic factor for high-risk paediatric B-ALL patients - 23/07/24

Doi : 10.1016/j.biopha.2024.116903 
Altieri Filomena a, 1, Smaldone Giovanni a, 1, , Sarnacchiaro Ginevra a, Negueruela Santiago b, Scotto Di Fasano Miriam a, Mirabelli Peppino c, Cianflone Alessandra c, De Matteo Antonia c, Beneduce Giuliana c, Parasole Rosanna c, Salvatore Marco a, Buono Lorena a,
a IRCCS SYNLAB SDN, Via E. Gianturco 113, Naples 80143, Italy 
b Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Pozzuoli 80078, Italy 
c Department of Paediatric Hemato-Oncology, Santobono-Pausilipon Children's Hospital, AORN, Naples 80122, Italy 

Corresponding authors.

Abstract

Pediatric B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) is a serious disease for which a better understanding of prognostic factors and new therapeutic targets is needed. Circular RNAs (circRNAs) are promising markers due to their stability and differential expression patterns in various diseases. However, their role in pediatric B-ALL patients, particularly in risk stratification and relapse prediction, remains poorly understood. In this study, we comprehensively examined the circRNA landscape in pediatric B-ALL patients, focusing on both high-risk and standard-risk patients. Using advanced sequencing techniques and sophisticated bioinformatics tools, we identified thousands of circRNAs, including a novel circRNA derived from the WASHC2A gene, termed circWASHC2A. CircWASHC2A showed differential expression between high-risk and standard-risk patients and exhibited potential for predicting relapse in high-risk patients. Functional experiments highlighted a role for circWASHC2A in regulating cell cycle progression and mitochondrial respiratory activity in leukaemic cells. Transcriptomic analysis further supported these findings, suggesting the involvement of circWASHC2A in signalling pathways relevant to leukaemia pathogenesis. This study provides in-depth insights into the circRNA landscape of pediatric B-ALL patients and identifies circWASHC2A as a potential biomarker for risk stratification and relapse prediction, with significant implications for tailoring diagnostic and therapeutic strategies in this patient population.

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Graphical Abstract




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Highlights

The circRNA landscape in childhood B-ALL has been thoroughly characterized.
CircWASHC2A was identified as a potential diagnostic and prognostic marker for childhood B-ALL.
CircWASHC2A expression levels can predict childhood B-ALL relapse.
Silencing circWASHC2A alters cell cycle dynamics, indicating its role in leukemia pathogenesis.
CircWASHC2A offers potential for targeted treatment strategies in pediatric B-ALL management.

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Keywords : CircRNA, Paediatric B-ALL, Biomarker, Diagnosis, Prognosis, Personalized medicine


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Vol 177

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