Dans les pays à faible revenu (PFR), les sepsis bactériens sont une cause majeure de mortalité néonatale et sont majoritairement causés par des entérobactéries. En raison de la diffusion des entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (E-BLSE) en communauté, ces E-BLSE sont responsables d'une part de plus en plus importante des sepsis néonataux. L'amoxicilline ou les céphalosporines de 3^e génération sont donc fréquemment inefficaces, alors que les carbapénèmes sont à la fois peu disponibles et coûteux. Les voies de transmission de ces E-BLSE aux nouveaux-nés dès les premiers jours de vie restent peu documentées, a fortiori par des méthodes moléculaires. La colonisation maternelle par E-BLSE étant élevée en Afrique (18%) comme en Asie (80%), elle pourrait jouer un rôle clé dans la transmission des E-BLSE au nouveau-né pendant l'accouchement. L'objectif de ce travail est de quantifier l'ampleur de la transmission verticale d'E-BLSE dans deux PFR.

Ce travail est basé sur une cohorte menée en communauté (étude BIRDY) au Cambodge et à

Madagascar entre 2016 et 2022, en milieu rural et urbain. Les femmes enceintes ont été recrutées au cours du 3^e trimestre de grossesse. Des selles de la mère à l'accouchement et 1 à 2 échantillons de selles de chaque enfant ont été prélevés entre J0 et J3 de vie. Ces échantillons ont été cultivés sur milieu sélectif BLSE et jusqu'à 4 colonies d'E-BLSE ont été isolées par échantillon. Le génome de chaque colonie a été séquencé (Illumina, séquençage génomique complet), permettant la caractérisation des souches (espèce, gènes de résistance) ainsi que leur comparaison par des techniques d'inférence phylogénétique.

Parmi les 496 femmes enceintes incluses dans la cohorte, 131 ont été incluses au Cambodge et 365 à Madagascar, et ont donné naissance à 498 nouveaux-nés. Cent soixante-seize femmes ont été incluses en milieu urbain et 189 en milieu rural. La prévalence de la colonisation par E-BLSE chez les mères était de 77% (102/131) au Cambodge et de 43% (156/365) à Madagascar. Entre J0 et J3 de vie, 53% (70/131) des nouveaux-nés du Cambodge étaient colonisés à E-BLSE et 38% (139/367) des nouveaux-nés à Madagascar. Des analyses préliminaires ont permis de mettre en évidence 9 cas de transmission verticale clonale au Cambodge et 17 à Madagascar. La transmission verticale était donc respectivement retrouvée comme la source de la colonisation néonatale dans respectivement 12.8% (9/70) et 12.2% (17/139).

La transmission verticale dans l'acquisition d'E-BLSE dans les PFR ne semble expliquer qu'une part faible des cas de colonisation néonatale. Cela suggère d'autres modes d'acquisition, notamment via l'alimentation ou l'environnement. L'identification de ces voies de transmission est primordiale pour établir des stratégies de prévention efficaces.

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