La fièvre Q est une zoonose bactérienne ubiquitaire de répartition mondiale liée à Coxiella burnetii. Dans la majorité des régions du monde la transmission aux humains se fait via les animaux de rente infectés. En Guyane, territoire français localisé en Amazonie, l'incidence de la fièvre Q humaine est la plus élevée au monde, mais le réservoir animal reste un mystère. L'objectif de cette étude était de rechercher la présence de C. burnetii chez les mammifères sauvages d'Amazonie et d'évaluer leurs potentiels rôles en tant que réservoir.

De février 2021 à janvier 2023, différents prélèvements de selles, de tissus et d'écouvillons anal et vaginal de mammifères à partir de captures de chauves-souris, de cadavres de mammifères par mortalité routière, au zoo de Guyane et dans 2 centres de soins pour animaux ont été réalisés. Les lieux de collecte ont été stratégiquement choisis pour refléter au mieux la diversité de la faune et les cas humains groupés. Des crottes de mammifères sauvages ont été récoltées par l'Office française de la Biodiversité. Des tissus de la collection de l'Institut Pasteur et de la collection JAGUARS ont également été analysés. Une détection spécifique de la cible IS₁₁₁₁ de C. burnetii a été réalisée par PCR en temps réel sur les ADNs extraits avec des kits appropriés selon les matrices testées.

Sur la période d'étude, 2014 prélèvements ont été analysés par qPCR (écouvillons N=218, crottes N=498, urines N=15 et tissus N =1283). Ces échantillons appartenaient à 16 ordres différents de mammifères parmi lesquels les plus représentés étaient les rongeurs (N=800), suivis des chiroptères (N=460), des marsupiaux (N=246), et des carnivores (N=235). Trente-quatre échantillons appartenant à 29 individus de 7 ordres et 16 espèces différentes ont été retrouvés positifs pour C burnetii : 1 artiodactyle (un pécari à collier ), 2 carnivores (un jaguar, un kinkajou), 2 chiroptères (un molosse commun, un fer-de-lance à lunettes), 5 marsupiaux (4 opossums communs, un opossum gris à quatre yeux ), 1 xénarthre (un paresseux à 2 doigts), 6 primates (un capucin brun, 3 singes-écureuils, 2 singe hurleur roux), 12 rongeurs (7 rat noir, un rat brun, un rat épineux, un rat de Cayenne, une souris grise, un rat aquatique noirâtre). Les types de prélèvements retrouvés positifs ont été : des crottes (N=7), des organes (rein N=8, foie N=6, poumon N=3, rate N=3), des écouvillons anaux (N=2) et des poils (N=1). Pour l'ensemble des échantillons les charges bactériennes étaient faibles, ne permettant pas une quantification Les organes étaient plus fortement positifs que les fèces.

Cette étude révèle une diversité remarquable d'espèces de mammifères sauvages porteuses de C. burnetii en Amazonie. Ces résultats vont à l'encontre de l'hypothèse d'une espèce unique (i.e. le paresseux à trois doigts). Les recherches sont à poursuivre sur les interactions entre les espèces sauvages et les populations humaines pour mieux comprendre et contrôler la propagation de cette zoonose en Guyane.

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