Les Escherichia coli responsables de bactériémies d'origine biliaire appartiennent à des lignages particuliers : analyse clinique et génomique de 135 épisodes. - 29/05/24
Résumé |
Introduction |
Escherichia coli est le premier pathogène responsable de bactériémies avec une incidence en hausse. Parmi les portes d'entrée digestives, les infections d'origine biliaire semblent moins sévères. Cependant, peu de données précises existent quant à la place respective des facteurs d'hôte, bactériens (phylogroupes, facteurs de virulence, gènes de résistance) ou de porte d'entrée dans la mortalité des bactériémies à E. coli (BEC) d'origine biliaire.
Matériels et méthodes |
770 episodes de BEC avaient été prospectivement inclus et les 770 souches de E. coli séquencées (technologie Illumina). Les caractéristiques cliniques et le pronostic des patients, les phylogroupes, le MLST, la virulence et la résistance des souches de E. coli ont été comparés par porte d'entrée. Les 770 souches ont également été comparées à 362 souches de E. coli commensales.
Résultats |
Parmi les 770 épisodes, 135 étaient d'origine biliaire, 156 digestives non-biliaires et 479 urinaires. Comparées aux urinaires, les BEC d'origine digestive survenaient plus fréquemment chez des hommes, comorbides et immunodéprimés. Le pronostic était plus sévère avec plus de choc septique et de décès. Parmi les portes d'entrée digestives, les BEC d'origine biliaire avaient un pronostic plus favorable. Les souches de E. coli d'origine biliaire se rapprochent des souches commensales en termes de distribution de phylogroupes, de lignage (séquence type -ST) et du faible nombre de facteurs de virulence, alors que les souches digestives non-biliaires, comme les souches urinaires, sont surtout de phylogroupe B2, associées à de nombreux facteurs de virulence. En outre, les souches biliaires ont un profil phylogénétique particulier, avec un enrichissement en STc58 (phylogroupe B1) et STc88 (phylogroupe C), et peu de ST131 (phylogroupe B2). Les profils de résistance des souches de BEC étaient similaires, quelle que soit la porte d'entrée mais plus résistantes que les commensales.
Conclusion |
Les bactériémies à E. coli d'origine biliaire diffèrent des autres BEC d'origine digestive; elles sont cliniquement moins sévères et plus volontiers liées à des souches de E. coli commensales qui ont moins de facteurs de virulence, mais sont plus résistantes que les commensales, de même niveau que les autres souches bactériémiantes.
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Vol 3 - N° 2S
P. S2-S3 - juin 2024 Retour au numéro
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