L'examen microscopique (EM) des crachats est encore largement répandu pour le diagnostic et l'estimation de la contagiosité des tuberculoses pulmonaires (TBp). Le test Xpert® MTB/RIF est une méthode rapide et plus sensible que l'EM pour le diagnostic des TBp. Nous avons évalué l'apport du CT (« Cycle Threshold ») donné par les tests Xpert® MTB/RIF et MTB/RIF Ultra pour estimer la charge bacillaire et la contagiosité des patients.

Nous avons réalisé une analyse rétrospective multicentrique des patients avec TBp et positivité de la culture et du Xpert® MTB/RIF entre 2018 et 2022. Le CT médian a été calculé à J0 à partir du résultat des 5 sondes du gène rpoB. Nous avons étudié les corrélations suivantes : entre le CT et l'EM à J0, le CT et le Délai de Positivité de la Culture en milieu liquide à J0 (DPC, reflet de la charge bacillaire dans la littérature), puis la corrélation entre le CT, ainsi que l'EM à J0, et la culture à J15, M1 et M2 en utilisant le coefficient de corrélation de Spearman.

Pour 138 patients inclus au total, le CT médian était de 22,4, avec intervalle interquartile (IIQ) de [19,6-27,9]. Le CT était significativement corrélé au nombre de BAAR/champ au diagnostic (r = - 0.83, p<0,001) avec une valeur médiane du CT de 28,2 IIQ [25,4-31,4] pour les patients avec EM - (n=61), 21,9 [20,8-23,8] pour un grade faible à 1 (<1 à 9 BAAR/champ) (n=30), 19,7 [19,3-20,3] pour un grade 2 (10 à 100 BAAR/champ) (n=25) et 18.7 [18,3-19,1] pour un grade 3 (>100 BAAR/champ) (n=20), respectivement (p=0,019). Le DPC médian était de 14 jours [10-20] avec des extrêmes ayant de 6 à 188 jours. Le CT était significativement corrélé au DPC à J0 (r = 0.64, p<0,0001) avec une valeur médiane du CT de 19,2 [18,8-20,1] pour les cultures ayant poussé entre 6 et 10 jours et 25,4 [21,5-29,4] entre 11 à 188 jours (p<0,001). Sur les 25 résultats de culture des crachats disponibles à J15, 17 étaient positives avec un CT à J0 de 20,3 [19,1-23,4] et 8 étaient stériles avec un CT de 20,8 [20,0-27,3] (p=0,77). A M1, 13/38 cultures étaient positives avec un CT à J0 de 22,1 [19,2-26,9] et 25/38 étaient stériles avec un CT de 20,8 [19,1-22,6] (p=0,31). A M2, 18/21 étaient positives avec un CT à J0 de 22,7 [19,8-25,4] et 3/21 étaient stériles avec un CT de 22,6 [18,7-23,8] (p=0,93). De même, on ne retrouvait pas de corrélation entre l'EM à J0 et la culture à J15, M1 et M2 (p à 0,22; 0,33 et 0,34 respectivement).

Dans notre étude, le CT est bien corrélé avec la charge bacillaire au diagnostic. Le test Xpert, et son CT, pourrait remplacer l'EM pour le diagnostic et l'estimation de la contagiosité des patients. En revanche, ce biomarqueur ne semble pas pouvoir prédire à J0 la contagiosité persistante sous traitement, probablement en raison d'autres facteurs associés (observance, cavernes, concentrations des anti BK..).

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