Après un 1^er signalement donné le 6 juillet 2023 par l'équipe opérationnelle d'hygiène hospitalière (EOH) d'un Centre Hospitalier, rapportant 9 cas de coqueluche dans un service de cardiologie, la situation évoluait au 13 juillet 2023 avec 67 cas impliquant plusieurs services. Toutes les coqueluches identifiées étaient de l'espèce Bordetella parapertussis.

Un cas de coqueluche était défini comme la détection de B. parapertussis par qPCR et prélevé par écouvillonnage nasopharyngé. Le laboratoire hospitalier local a utilisé la cible génétique IS1001 pour tester le B. parapertussis. Dès le début, l'EOH a mis en place les mesures de protection dans les services concernés. Les cas ont été traités, les contacts recherchés et le personnel mis sous antibioprophylaxie.

Le 20 juillet, le bilan final rapportait 136 cas, tous positifs pour B. parapertussis, chez des patients et du personnel soignant dans 10 services. Les cas résidaient dans 3 départements et la majorité (121/136) était des adultes. Sur 26 cas symptomatiques ayant répondu, seul 35% (9/26) avaient signalé au moins un symptôme de coqueluche, 27% (7/26) étaient essoufflés et aucun n'avait signalé une toux de plus de 14 jours. Les nombreux cas groupés non-nosocomiaux suggéraient une circulation communautaire. L'analyse microbiologique a révélé des valeurs du seuil de cycle (Ct) comprises entre 31 et 37 pour 131 échantillons positifs: une forte homogénéité de valeurs, assez élevées (moyenne=33,7) et peu représentatives d'une distribution classique d'une épidémie de coqueluche. De plus, les laboratoires sentinelles locaux ne rapportaient aucun prélèvement positif à B. parapertussis depuis avril 2023. Afin de confirmer le signal, le Centre National de Référence (CNR) de la coqueluche et le laboratoire hospitalier ont vérifié la possibilité d'une contamination en testant à nouveau 25 échantillons positifs. Les valeurs Ct obtenues étant toutes supérieure à 39, le CNR a soulevé l'hypothèse de faux positifs.

Après plusieurs contrôles effectués sur des écouvillons stériles provenant du même lot, le tableau clinique atypique des cas, et devant l'absence de détection de B. parapertussis par d'autre laboratoires, le CNR, les autorités sanitaires régionales et nationales, ont conclu qu'il s'agissait d'une pseudo-épidémie liée à des échantillons faussement positifs, dus à des écouvillons contaminés utilisés par le laboratoire hospitalier. Ces résultats ont été communiqués à l'ANSM et une enquête de matériovigilance a été ouverte auprès des fournisseurs. Cette enquête a souligné l'importance de la mise en commun de l'analyse épidémiologique et microbiologique mais aussi de l'expertise du CNR pour valider tout signal épidémique

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