Les infections de la surface oculaire peuvent avoir pour conséquences la perte fonctionnelle de tout ou partie des structures oculaires. Ce risque majeur justifie une prise en charge multidisciplinaire relevant souvent de l'urgence. Microbiologistes et cliniciens doivent travailler en synergie pour optimiser le prélèvement, orienter le diagnostic biologique réalisé sur des microprélèvements et guider le traitement anti-infectieux. Ainsi, le diagnostic microbiologique repose sur une bonne connaissance des étiologies des infections de la surface oculaire et des circonstances de leur survenue. Parallèlement, les cliniciens doivent être informés des étapes préanalytiques rigoureuses qui garantissent les meilleures conditions pour répondre à ces objectifs. Sont présentés ici les différents types de prélèvements de la surface oculaire, conjonctive, cornée, cils, canal lacrymal, etc. requis pour la recherche de pathogènes, bactéries, virus, champignons ou parasites. Puis, sont décrites les différentes techniques utilisées en microbiologie, depuis l'examen direct au microscope, à la culture et à l'évaluation de la sensibilité aux traitements, jusqu'aux méthodes de biologie moléculaire devenues aujourd'hui indispensables à la fois pour la mise en évidence du pathogène mais aussi pour détecter des gènes de résistance aux antibiotiques. L'ensemble de ces analyses permettent d'augmenter les taux d'identification des pathogènes responsables et d'améliorer les délais de rendu des résultats.

Ocular surface infections can result in the functional loss of all or part of the ocular structures. This major risk justifies a multidisciplinary care, often in an emergency context. Microbiologists and clinicians must work together in order to optimize the sample, guide the biological diagnosis assays carried out on micro-volume samples and to allow the most appropriate anti-microbial treatment. The microbiological diagnosis is based on a good knowledge of the aetiologies of the ocular surface infections and the circumstances of their occurrence. In parallel, clinicians need to be informed of the rigorous preanalytical steps that will ensure the best conditions to achieve these goals. We present here the different types of samples collected from the ocular surface, conjunctiva, cornea, eyelashes, lachrymal duct... looking for pathogens, bacteria, viruses, fungi, protozoa and parasites. Then, the different methods of analysis concerning each of these samples are presented, from direct examination, to culture, to the evaluation of sensitivity to treatments, to molecular biology methods that have become essential both for diagnosis and for detecting antibiotic resistance genes. All these set of analyzes allow to increase the rate of identification of microorganisms and to improve the delays for obtaining results.