La principale complication septique de la pneumonectomie est le pyothorax. Celui-ci est associé une fois sur deux à une fistule bronchopleurale qui peut être la cause ou la conséquence de ce pyothorax. C'est dire que leur traitement est étroitement lié, avec un double objectif : la stérilisation de la cavité de pneumonectomie et la fermeture de la fistule. Dans la phase aiguë, le premier traitement est le drainage de la loge de pneumonectomie : il a pour but de prévenir l'inondation du poumon controlatéral et d'obtenir un contrôle initial du sepsis local. Il est suivi par une irrigation-lavage, éventuellement associée à une « toilette chirurgicale » de la cavité de pneumonectomie. En cas d'échec, une thoracostomie représente souvent la meilleure modalité de contrôle local du sepsis. Cette opération est la technique de choix lorsque le pyothorax s'accompagne d'une fistule. Une fois la phase aiguë contrôlée se pose le problème de l'oblitération de l'espace pleural. Elle peut être obtenue par une myoplastie ou une épiplooplastie, éventuellement précédées d'une manœuvre d'affaissement de la poche par une thoracoplastie. Lorsque la poche est de petit volume, il est possible de réaliser une fermeture simple de thoracostomie sur une solution antibiotique (méthode de Clagett). L'utilisation de la thérapie à pression négative est une option pour les cavités sans fistule, car elle accélère la détersion et favorise la rétraction et le bourgeonnement. Concernant les poches relativement petites et bien prises en charge par le drainage percutané, une thoracoplastie peut être proposée sans étape préalable de thoracostomie. En pratique, les indications dépendent plus des caractéristiques du patient, de la complication septique et des habitudes du service que d'un algorithme immuable et rigoureux.