Le SARS-CoV-2, agent causal de l’infection virale COVID-19, est responsable d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère et létale. Les complications infectieuses pulmonaires, grevant son pronostic, restent incomplètement connues.

Notre étude, observationnelle, rétrospective, incluait tous les lavages bronchoalvéolaires réalisés entre le 1^er septembre 2020 et le 31 mai 2021 inclus, par une équipe dédiée d’endoscopie respiratoire, chez des patients sous ventilation mécanique invasive (VMI) pour une infection sévère à SARS-CoV-2. On séparait les LBA en hyper-précoces (<48h00 d’intubation), précoces (2 à 5 jours d’intubation), et tardifs (>5 jours d’intubation). En accord avec les définitions CDC et ERS, on distinguait les co-infections (<48 heures de VMI et<48 heures du début des symptômes de COVID-19), les surinfections (<48 heures de VMI et≥48 heures du début des symptômes) ; les infections du tractus respiratoire inférieur associée à la ventilation mécanique (ITRI-AVM) précoces (≥48 heures et<5 jours de VMI) ; et tardives (≥5 jours de VMI).

Au total, 258 LBA ont été analysés, chez 195 patients. Tous les patients étaient à plus de 48 heures du début des symptômes au moment de leur LBA (pas de co-infection).

Une surinfection bactérienne était retrouvée chez 11/85 patients ayant un LBA hyper-précoce (12,9 %), le plus souvent (8/11) chez les patients immunodéprimés et avec antécédents respiratoires ; dans 50 % des cas à P. aeruginosa ou S. pneumoniae.

Au total, 168 LBA ont recherché une ITRI-AVM, chez 135 patients : 28 LBA précoces ; 140 LBA tardifs. Au total, 42 ITRI-AVM ont été retrouvées chez 40 patients (29,6 %), soit 25 % des LBA précoces et tardifs : 6 ITRI-AVM précoces chez 6 patients et 36 ITRI-AVM tardives, chez 34 patients; dont 28 % à P. aeruginosa.

Une aspergillose pulmonaire « probable » associée au COVID-19 était retrouvée chez 15 (7,8 %) patients selon les critères ECMM/ISHAM, associée à une augmentation de la mortalité.

Soixante-quinze LBA (29,3 %) ont retrouvé des levures, principalement C. albicans.

Au total, 155 LBA (69,2 %) présentaient au moins une PCR positive à Herpesviridae, chez 70,1 % des patients.

Dans 95,6 % des cas, les formules anatomopathologiques étaient neutrophiliques ou panachées. Aucune hémorragie intra-alvéolaire n’a été retrouvée.

Les surinfections bactériennes et aspergillaires apparaissent peu fréquentes, notamment en absence de terrain favorisant, mais doivent être recherchées au moindre doute devant l’impact thérapeutique. A contrario, les infections du tractus respiratoire inférieur associées à la ventilation mécanique sont fréquemment retrouvées, en particulier au-delà de 5 jours de ventilation invasive. Levures en culture et PCR virales sont fréquentes, mais de signification incertaine. L’analyse anatomopathologique, très demandeuse de matériel, apparaît sans impact sur la prise en charge.