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Emergence and evolution of the Omicron SARS-CoV-2 variant in the island of Martinique - 16/06/23

Doi : 10.1016/j.idnow.2023.104690 
G.N. Gbaguidi a, , L. Aubert b, , J. Schaeffer c, L. Fagour d, A. Dubremetz d, Vincent Enouf e, f, M-H. Glaudon-Louveau de la Guigneraye g, F. Nestour h, J. Rosine a, G. Dos Santos d, i
a French National Public Health Agency in the French West Indes, Fort-de-France, Martinique, France 
b French National Public Health Agency in the French West Indes, Gourbeyre, Guadeloupe, France 
c French National Public Health Agency, Saint-Maurice, France 
d Department of Virology, University Hospital Center, Fort-de-France, Martinique, France 
e National Reference Center for Respiratory Viruses, CNRS-UMR 3569, The Institut Pasteur, Paris, France 
f Mutualised Platform of Microbiology, Pasteur International Bioresources Network, The Institut Pasteur, Paris, France 
g BIO SANTE Laboratory, Martinique, France 
h BIOLAB Laboratory, Martinique, France 
i UMR 1058 – Pathogenesis & Control of Chronic & Emerging Infections, University of Montpellier, Montpellier, France 

Corresponding authors.

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Highlights

From W50-2021 to W25-2022, three epidemic waves were observed.
These waves were caused by the sub-lineages BA.1, BA.2 and BA.5 of the Omicron variant.
A moderate hospital impact was observed during circulation of the Omicron sub-lineages compared to the previous wave, dominated by the Delta variant.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Abstract

Introduction

We aimed to describe the epidemiological situation during the Omicron variant circulation in light of genomic surveillance data in Martinique, a territory with low vaccination rates.

Patients and methods

We exploited COVID-19 national databases of virological tests, for the collection of hospital data and for the sequencing data from December 13, 2021 to July 11, 2022.

Results

Three prevailing sub-lineages of Omicron have been identified in Martinique (BA.1, BA.2, BA.5) during this period causing three distinct waves characterized by an increase in virological indicators compared to previous waves, with moderate severity in the first and last waves, caused by BA.1 and BA.5, respectively.

Conclusion

The SARS-CoV-2 outbreak is still progressing in Martinique. Genomic surveillance system in this overseas territory must be continued for rapid detection of emerging variants/sub-lineages.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : COVID-19, Omicron variant, Island of Martinique


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Vol 53 - N° 4

Article 104690- juin 2023 Retour au numéro
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  • Description of an outbreak of hemorrhagic fever with renal syndrome in the southern Jura Mountains, France, in 2021
  • A Brun, M Greusard, JM Reynes, M Grenier, J Bamoulid, P Giraudoux, Q Lepiller, C Chirouze, K Bouiller, B Bailly
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  • Conference report on preparedness for new emerging infectious disease epidemics and their socio-economic consequences
  • C. Besombes, M. Marsot, P. Parneix, C. Fourichon, P. Reignault, D. Renault, C. de Perthuis, C. Weill, F. Keller, E. Hirsch, D. Vitour, J. Raude, B. Hoen, C. Leport, J.-F. Guégan

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