La découverte du rôle du microbiote intestinal dans la santé a contribué à bouleverser les concepts pathophysiologiques dans les pathologies humaines et particulièrement dans les maladies métaboliques. Le microbiote intestinal est en effet une composante clé de nombreuses fonctions biologiques (digestion, maturation de l'intestin et de l'immunité, production de vitamines, métabolisme de nutriments et des médicaments, entres autres), notamment par la production de petites molécules : les métabolites bactériens. Les premières découvertes chez l'animal, notamment les expériences de transfert de microbiote, ont montré un rôle causal des changements du microbiote dans la corpulence ou le développement du diabète chez les rongeurs. Chez l'homme, l'avènement des méthodes de séquençage du microbiote appliqué à des cohortes de plus en plus larges a ensuite permis d'identifier des changements dans la composition et la diversité du microbiote dans l'obésité et le diabète, avec parfois des résultats hétérogènes d'une population à l'autre ou d'un pays à l'autre. Les changements nutritionnels (alimentation, émulsifiants, édulcorants) observés dans l'alimentation moderne sont sans nul doute des éléments majeurs des modifications du microbiote dans l'obésité. Ainsi, nombre d'interventions nutritionnelles (restriction énergétique, modulation des aliments, régime méditerranéen) visent à moduler positivement le microbiote intestinal et à comprendre si et comment ces changements microbiens sont impliqués dans l'amélioration métabolique que l'on peut observer après différents changements nutritionnels. Un enjeu est aussi de pouvoir prédire si certaines compositions du microbiote chez l'homme peuvent influencer les réponses aux interventions alimentaires et/ou si agir sur le microbiote par l'alimentation pourrait aider à optimiser les réponses individuelles aux interventions alimentaires, dans une approche de nutrition de précision.