Les infections bronchopulmonaires sont fréquentes et à l’origine d’une mortalité importante dans le monde. Les antibiotiques sont très largement utilisés pour leur traitement, avec parfois une évolution défavorable pouvant être liée à une antibiothérapie inadaptée ou un agent microbiologique non bactérien.

Nous avons mené une étude de cohorte prospective au sein du CHU d’Amiens incluant les patients traités par bêta-lactamines pour une infection respiratoire basse et qui devaient bénéficier d’une fibroscopie souple. Un LBA était réalisé pour chacun des patients inclus avec réalisation d’une PCR Multiplex à la recherche des virus respiratoires et des Herpes Simplex virus. L’objectif était d’évaluer la part des infections virales expliquant les échecs de l’antibiothérapie et les virus fréquemment mis en cause.

Au total, 90 patients ont été inclus. La fibroscopie a permis une documentation microbiologique pour 75,5 % des cas avec identification de 1,57 germe en moyenne. Au moins un virus était retrouvé dans 60 % des LBA réalisés. Les virus non respiratoires, du genre Herpes Simplex Virus étaient plus souvent retrouvés que les virus respiratoires. Les co-infections étaient fréquentes (13,3 % de co-infections avec une bactérie, 20 % de co-infections avec un autre virus, 26,7 % de co-infections avec un champignon). Les virus étaient plus significativement identifiés chez les patients porteurs de bronchectasies. Les co-infections avec un champignon étaient plus significativement retrouvées pour les patients suivis pour bronchectasies ou BPCO. Il n’y avait pas de différence concernant la recherche des virus, y compris pour la grippe, avant et après mars 2020, date de la pandémie de SARS-CoV-2.

Les virus sont très fréquemment isolés au cours des infections respiratoires basses. Ils sont plus souvent retrouvés chez les patients porteurs de dilatations des bronches. Les virus semblent avoir une place importante dans l’histoire naturelle des maladies respiratoires chroniques et dans le microbiome respiratoire, même si leur impact dans la pathogenèse et leur traitement restent à discuter.