Les réactions d'hypersensibilité digestive peuvent être d'origine immunologique et non immunologique. Les réactions impliquant le système immunitaire peuvent être en lien avec un mécanisme IgE-dépendant, mixte IgE et non IgE-dépendant (œsophagite et gastroentérite à éosinophiles), non IgE-dépendant (syndrome d'entérocolite induite par les protéines alimentaires), ou encore auto-immun (maladie cœliaque). Les réactions d'hypersensibilité non immunologique sont liées à un déficit du métabolisme ou une hyperréactivité à un composant de l'aliment (intolérance à l'histamine, intolérance au lactose et aux sucres, aux FODMAPs [fermentable oligo-, di-, monosaccharides and polyols]), de mécanisme complexe pour la nouvelle entité qu'est l'intolérance au gluten sans maladie cœliaque. Face à des troubles digestifs évocateurs d'hypersensibilité, il convient dans un premier temps d'éliminer le diagnostic d'hypersensibilité immunologique IgE-dépendante, non IgE-dépendante ou mixte, une maladie cœliaque. L'identification de l'aliment responsable est facilitée par la relation chronologique établie à l'interrogatoire dans les formes aiguës, qu'elles soient IgE-dépendantes ou non. Le bilan allergologique se fonde sur l'anamnèse, la réalisation d'une enquête alimentaire, de tests cutanés (prick tests, voire atopy patch tests). Si les tests cutanés sont négatifs, ils n'écartent pas le diagnostic d'allergie alimentaire à forme digestive. La recherche d'IgE spécifiques peut alors être envisagée. L'épreuve d'éviction de l'aliment suspecté avec disparition consécutive des symptômes est le test diagnostique clé. Un régime d'éviction des aliments incriminés sera mis en place. Six à douze mois plus tard, un test de réintroduction pourra être réalisé pour déterminer le seuil réactogène et envisager un protocole d'accoutumance pour les réactions d'hypersensibilité IgE-dépendantes et non IgE-dépendantes. L'œsophagite à éosinophiles est considérée comme une contre-indication. Le diagnostic d'une hypersensibilité non immunologique est un diagnostic d'exclusion. La réalisation de tests respiratoires à l'hydrogène après ingestion de lactose, fructose ou sorbitol contribue au diagnostic d'intolérance aux sucres. Une bonne connaissance des caractéristiques cliniques et des mécanismes associés aux réactions indésirables aux aliments permet au clinicien de diagnostiquer et de traiter efficacement les patients.