Les maladies rénales chroniques (MRC) d’origine indéterminée représentent près de 20 % des IRCT en France. L’accès aux techniques de séquençage à haut débit a permis de montrer une sous-estimation de la prévalence des causes monogéniques de MRC.

Depuis janvier 2019 le séquençage entier de l’exome est intégré à notre pratique courante chez les patients avec une néphropathie indéterminée, en consultation de néphrogénomique.

Parmi les 211 patients avec une MRC d’origine indéterminée explorés entre janvier 2019 et décembre 2021, nous avons sélectionné les patients ayant bénéficié d’une biopsie rénale adéquate n’ayant pas permis de poser de diagnostic étiologique.

Au total, 52 patients ont été inclus : âge médian de 39,5 ans, 30 (58 %) en IRCT, 8 (15 %) rapportant une consanguinité, 27 (51 %) ayant des antécédents familiaux de maladie rénale. Le rendement diagnostique de l’exome était de 38 %. Les pathologies retrouvées étaient principalement glomérulaires (60 %), en particulier des maladies d’Alport : variants pathogènes de COL4A3 (4), COL4A4 (3), COL4A5 (1), TRPC6 (2), NPHS1(1), APOL1 (1). Venaient ensuite les maladies tubulo-interstitielles : UMOD (2), NPHP1 (2), PKHD1 (1), CNCL5 (1), TTC21B (1), puis les néphropathies vasculaires : TREX1 (1). Le seul facteur prédictif d’identifier un variant pathogène était l’antécédent familial de maladie rénale (p<0,01). La phénocopie clinique se rencontre dans 65 % des cas et histologique dans 50 % des cas (Figure 1).

L’analyse génomique par exome a établi un diagnostic étiologique chez 38 % des patients dont la néphropathie restait indéterminée malgré une biopsie rénale adéquate. La fréquence élevée de phénocopie montre l’intérêt d’un exome en première intention par rapport aux panels chez ces patients. Ce nouvel outil diagnostique pourrait réduire l’errance diagnostique, clarifier les transmissions, permettre une prise en charge plus précoce des apparentés et modifier les thérapeutiques dans la prévention de la MRC et l’accès à la greffe.