La spécificité de la kinésithérapie des scléroses en plaques (SEP) est liée au « syndrome de fatigue invalidant » que présentent la plupart des patients. Aussi, une séance trop intense est rapidement néfaste. La rééducation et le contrat d'autorééducation guidée sont bridés par cette fatigue et doivent donc être axés sur un nombre limité d'exercices bien choisis, alternant avec des périodes de repos. Par conséquent, la rééducation doit s'intégrer dans un programme quotidien de lutte contre le gaspillage d'énergie. Autre spécificité de cette pathologie : dans la plupart des cas, l'exposition à la chaleur déclenche une mini-poussée (c'est le phénomène d'Uhthoff). Chez ces patients, la cryothérapie a une action bénéfique qui permet non seulement d'améliorer les performances de la rééducation et des activités fonctionnelles ou sportives, mais aussi de diminuer la fatigue et les réactions immunologiques propres à cette affection inflammatoire du système nerveux central. Le rééducateur recherche ce qui facilite la motricité (gestion de la fatigue, cryothérapie, etc.) et ce qui inhibe les performances. Cette enquête permet d'adapter la rééducation à l'état du patient qui varie en fonction de l'évolution de la maladie, de l'heure de la journée (le matin étant généralement plus favorable, surtout si le patient ne se repose pas) et de multiples facteurs qu'il convient de découvrir. Dans ce contexte difficile, la priorité est donnée aux exercices fonctionnels (marche, montée et descente des escaliers, transferts, etc.) et à la lutte contre les déformations orthopédiques (équin, flexum, etc.). La rééducation active n'est efficace qu'en dehors des poussées évolutives. Enfin, le rôle psychologique du kinésithérapeute est capital pour compenser la vision négative souvent intégrée par les patients au fur et à mesure des informations pessimistes qu'ils ont glanées sur l'affection, apporter compréhension, présence, bonne humeur et motivation en particulier pour l'observance de l'autorééducation quotidienne pendant des années.