Les bacilles à Gram négatif non fermentants sont des bactéries de l'environnement responsables d'infections opportunistes chez les patients immunodéprimés. En plus de leur multirésistance naturelle aux antibiotiques, des mécanismes acquis peuvent être observés. La taxonomie de ces genres bactériens a évolué en parallèle des progrès technologiques. Le séquençage des génomes permet aujourd'hui d'appréhender les schémas évolutifs. L'adaptation de certaines souches à l'Homme constitue par ailleurs un modèle d'étude pour corréler les modifications génétiques avec d'éventuelles conséquences phénotypiques. Au-delà des genres Pseudomonas et Acinetobacter, d'autres genres bactériens émergent au cours d'infections aiguës survenant chez des patients immunodéprimés et/ou porteurs de dispositifs invasifs, ou lors d'infections chroniques chez les patients atteints de mucoviscidose ; Stenotrophomonas, Achromobacter et Elisabethkingia constituent ainsi des genres bactériens émergeant d'intérêt. L'analyse phylogénétique basée sur le génome complet permet d'avoir une approche taxonomique fine : ainsi Stenotrophomonas maltophilia est en fait un complexe d'espèces, de sous-espèces et/ou de genospecies, dont certaines sont retrouvées plus fréquemment chez l'Homme, chez l'animal ou dans l'environnement. La corrélation des fonds génétiques avec les propriétés de virulence, résistance, fitness et voies métaboliques reste à élucider. Cela concerne en particulier les souches du genre Elisabethkingia responsables de méningites néonatales. L'évolution des connaissances liées à ces genres et espèces est néanmoins limitée par la capacité des bases de données matrix assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) utilisées au quotidien pour les identifier. De plus, il est difficile de corréler les publications anciennes avec la taxonomie actuelle. Les études permettant d'évaluer comparativement la place de ces nouveaux microorganismes au sein d'une entité clinicobiologique bien définie doivent être préférées aux séries de cas cliniques.