Faisabilité et utilité clinique d’une recherche systématique de transcrits de fusions oncogéniques par technique nCounter® (Nanostring) dans les cancers bronchiques non à petites cellules sans altérations moléculaires oncogéniques détectées au NGS sur ADN - 25/12/21
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Résumé |
Introduction |
Un diagnostic moléculaire systématique est recommandé dans les cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) métastatiques. Le séquençage ciblé de l’ADN par Next Generation Sequencing (NGS-ADN) est la technique la plus fiable pour détecter les mutations oncogéniques. Une autre technique est souvent nécessaire pour les fusions oncogéniques. L’objectif de cette étude est d’évaluer la faisabilité et l’intérêt clinique d’un diagnostic moléculaire systématique des fusions sur ARN tumoral par technique nCounter ® (Nanostring) dans les CBNPC sans mutation au NGS-ADN.
Méthodes |
Tous les échantillons de CBNPC diagnostiqués aux Hospices Civils de Lyon de mars 2019 à mars 2020 et séquencés en routine par NGS-ADN (IonTorrent ®, Thermofischer) étaient identifiés. Les échantillons négatifs pour les mutations EGFR/KRAS/BRAF/HER2/METex14 et IHC ALK négatif et avec matériel disponible bénéficiaient d’une recherche de fusions ALK/RET/ROS1/NTRK1/NRG1 par nCounter ® sur ARN et représentaient la population étudiée. Le critère d’évaluation principal était le temps médian en jours ouvrés (TJO) entre la réalisation du prélèvement tumoral et la communication au clinicien du compte-rendu (CR) du diagnostic moléculaire comprenant les fusions.
Résultats |
619 échantillons étaient analysés par NGS-ADN. 124 échantillons négatifs en NGS-ADN étaient analysés par nCounter ® et inclus. L’âge médian était 66 ans, 75 % étaient des hommes, 25 % étaient des femmes, 84 % étaient fumeurs, 80 % étaient des adénocarcinomes, 68 % des stades IV. Le TJO entre réalisation du prélèvement et CR avec fusions était de 17 (9–57). Le TJO entre réalisation du prélèvement et CR du NGS-ADN était de 11 (5–34). Une fusion était retrouvée dans 11% (14/124) des cas. Parmi les CBNPC métastatiques (n=68), une fusion (ROS1=4, ALK=5, RET=3, NTRK1=2) était identifiée chez 8 patients dont 6 ont reçu un inhibiteur adapté en première ligne. La médiane de survie sans progression (SSP) en première ligne de traitement en cas de fusion était non atteinte et statistiquement plus longue que la médiane de SSP en première ligne de traitement en l’absence de fusion (112jours) (p=0,0027, log rank).
Conclusion |
La recherche systématique de fusions oncogéniques par nCounter ® dans les CBNPC sans mutation détectée au NGS-ADN est accessible en routine dans un délai compatible avec l’activité clinique. Cette stratégie identifie des patients avec fusion oncogénique pouvant avoir un bénéfice clinique important avec des inhibiteurs adaptés.
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Vol 14 - N° 1
P. 59-60 - janvier 2022 Retour au numéro
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