L’analyse transcriptomique de multiples larges cohortes de tumeurs urothéliales de vessie infiltrant le muscle (TVIM) a abouti à la publication récente d’une classification moléculaire consensus. Les tumeurs urothéliales des voies excrétrices supérieures (TVES), moins fréquentes, ont été moins étudiées. Notre objectif était de caractériser une cohorte de TVES sur le plan morphologique, immunohistochimique et transcriptomique, et d’évaluer l’applicabilité de la classification consensus dans les TVES.

Nous avons constitué une nouvelle cohorte de 67 patients atteints d’une TVES (≥pT1). Chaque tumeur a été caractérisée sur les plans anatomo-pathologique et immunohistochimique, en utilisant des marqueurs de sous-types moléculaires (GATA3-CK5/6-TUBB2B en multiplex, CK20 et p16), Ki67, MSH6 et MSH2. L’identification d’une hétérogénéité intra-tumorale a reposé sur la morphologie et le profil immunohistochimique. Le transcriptome de chaque tumeur a été obtenu, y compris dans plusieurs secteurs tumoraux en cas d’hétérogénéité, par la méthode 3′ RNA-seq. Les clusters non supervisés, les sous-types consensus et l’estimation de l’abondance des populations immunes intra-tumorales ont été déterminés par l’étude du transcriptome.

Les transcriptomes de 87 échantillons de TVES de 66 patients, dont 6 ganglions métastatiques, ont été étudiés. En utilisant la classification consensus, la majorité des échantillons (61/87 ; 70,1 %) étaient luminaux, dont 56,3 %, 10,3 % et 3,5 % de sous-types LumP, LumU et LumNS, respectivement. Les échantillons non-luminaux étaient classés Ba/Sq (21,8 %) ou stroma-rich (8,1 %). Les niveaux de séparation, indice de la robustesse de l’attribution à un sous-type, étaient comparables à ceux des TVIM du TCGA (médiane=0,6). La classification par clustering non supervisé itératif était analogue aux groupes consensus. Parmi les 13 tumeurs hétérogènes, 10 (76,9 %) comportaient des secteurs de sous-types consensus distincts. Le sous-type des métastases ganglionnaires correspondait à celui d’au moins un secteur de la tumeur primitive. Les tumeurs LumP étaient caractérisées par une faible infiltration immune.

Nous avons caractérisé une nouvelle cohorte de 67 patients atteints d’une TVES sur les plans morphologique, immunohistochimique et transcriptomique. L’application de la classification consensus des TVIM classait de manière robuste les TVES, et a révélé une hétérogénéité moléculaire intra-tumorale. Le sous-type LumP, le plus fréquent (56,3 %), était caractérisé par un microenvironnement immunitaire pauvre.