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Automated tracking of emergency department abdominal CT findings during the COVID-19 pandemic using natural language processing - 29/10/21

Doi : 10.1016/j.ajem.2021.05.057 
Matthew D. Li, MD a, d, , Peter A. Wood, MD a, d, Tarik K. Alkasab, MD, PhD b, c, d, Michael H. Lev, MD b, c, d, Jayashree Kalpathy-Cramer, PhD a, d, Marc D. Succi, MD a, b, c, d, ⁎⁎
a Department of Radiology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, United States of America 
b Division of Emergency Imaging, Department of Radiology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, United States of America 
c Medically Engineered Solutions in Healthcare Incubator, Innovation in Operations Research Center (MESH IO), Massachusetts General Hospital, Boston, MA, United States of America 
d Harvard Medical School, Boston, MA, United States of America 

Correspondence to: M. D. Li, MD, Department of Radiology, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 55 Fruit Street, Boston, MA 02114, United States of America.Department of RadiologyMassachusetts General HospitalHarvard Medical School55 Fruit StreetBostonMA02114United States of America⁎⁎Correspondence to: M. D. Succi, MD, Department of Radiology, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 55 Fruit Street, Boston, MA 02114, United States of America.Department of RadiologyMassachusetts General HospitalHarvard Medical School55 Fruit StreetBostonMA02114United States of America

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Abstract

Purpose

During the COVID-19 pandemic, emergency department (ED) volumes have fluctuated. We hypothesized that natural language processing (NLP) models could quantify changes in detection of acute abdominal pathology (acute appendicitis (AA), acute diverticulitis (AD), or bowel obstruction (BO)) on CT reports.

Methods

This retrospective study included 22,182 radiology reports from CT abdomen/pelvis studies performed at an urban ED between January 1, 2018 to August 14, 2020. Using a subset of 2448 manually annotated reports, we trained random forest NLP models to classify the presence of AA, AD, and BO in report impressions. Performance was assessed using 5-fold cross validation. The NLP classifiers were then applied to all reports.

Results

The NLP classifiers for AA, AD, and BO demonstrated cross-validation classification accuracies between 0.97 and 0.99 and F1-scores between 0.86 and 0.91. When applied to all CT reports, the estimated numbers of AA, AD, and BO cases decreased 43–57% in April 2020 (first regional peak of COVID-19 cases) compared to 2018–2019. However, the number of abdominal pathologies detected rebounded in May–July 2020, with increases above historical averages for AD. The proportions of CT studies with these pathologies did not significantly increase during the pandemic period.

Conclusion

Dramatic decreases in numbers of acute abdominal pathologies detected by ED CT studies were observed early on during the COVID-19 pandemic, though these numbers rapidly rebounded. The proportions of CT cases with these pathologies did not increase, which suggests patients deferred care during the first pandemic peak. NLP can help automatically track findings in ED radiology reporting.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : COVID-19, Emergency, CT, Appendicitis, Diverticulitis, Bowel obstruction


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Vol 49

P. 52-57 - novembre 2021 Retour au numéro
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