L'oreille moyenne est constituée de trois osselets avec leurs deux muscles, de la caisse du tympan incluse dans l'os temporal. Les os de l'oreille moyenne sont produits par le mécanisme dossification endochondrale à l'exception du processus antérieur du marteau qui subit une ossification membraneuse (via la formation de l'os gonial). Le marteau est généré par les cellules de la crête neurale. La participation du premier arc pharyngien semble prépondérante. Néanmoins, une participation du deuxième arc n'est pas à exclure (par analogie aux données obtenues chez la souris). L'enclume dérive exclusivement des cellules de la crête neurale du premier arc pharyngien. L'étrier est généré par les cellules de la crête neurale du deuxième arc pharyngien sauf la région la plus interne de sa base qui provient du mésoderme de la capsule otique. L'articulation entre marteau et enclume se forme tardivement. Les mécanismes de sa genèse diffèrent chez la souris et l'humain. La régulation génétique des structures à l'origine des os de l'oreille moyenne commence à être mise en évidence. Chez la souris, le gène Hoxa2 est responsable de l'identité positionnelle du deuxième arc pharyngien. Les gènes impliqués dans les syndromes de Treacher Collins contrôlent la prolifération et la survie des cellules de crête neurale des arcs pharyngiens 1 et 2. Plusieurs structures embryonnaires jouent un rôle inducteur sur le développement des osselets : anneau tympanique et méat acoustique externe (sur le manche du marteau), artère stapédienne (sur le foramen de l'étrier) et crête neurale (sur la fenêtre ovale). Les muscles de l'oreille moyenne ont une origine double : les cellules musculaires striées squelettiques dérivent du mésoderme des arcs alors que les cellules de soutien et les tendons proviennent de la crête neurale. L'épithélium de la caisse du tympan provient de l'endoderme et de la crête neurale chez la souris. Dans l'espèce humaine, rien n'est encore établi avec certitude. La croissance du récessus tubo-tympanique est un processus qui s'étale dans le temps bien après la naissance. Le mécanisme de ce processus reste encore à définir selon les auteurs. Les structures osseuses de la caisse du tympan n'ont pas été bien étudiées. Il semble néanmoins qu'elles dérivent de la crête neurale et du mésoderme. Toutefois, la participation respective de ces deux éléments reste encore à définir.